在成吉思汗的追击下，蔑儿乞惕部首领狼狈逃走，答亦儿兀孙等人投降。但他同蔑儿乞惕人的斗争还在继续。大多数蔑儿乞惕人已投降，成吉思汗将他们编人自己的军队，命他们在军队中看守辎重。但是，一俟成吉思汗离开，这些蔑儿乞惕人便抢掠由他们负责看守的辎重财物，然后携带这些财物反叛而去。他们回到他们的故土贝加尔湖南岸下色楞格河流域，在深山密林中立寨，准备顽抗。兀洼思一儿乞惕人也反叛而去，立寨于忽鲁合不察儿山口。兀都亦惕一儿乞惕人立寨于台合勒山之最深远处，砍倒树木，阻塞要道，准备抵抗到底。成吉思汗闻说这些蔑儿乞惕人反叛而去，立即命锁儿罕失刺之子沉白为将，率领左军前往征讨围剿。沉白轻而易举就荡平了上述蔑儿乞惕人所立之山寨。为了防止这些森林狩猎人再次滋事，成吉思汗命蒙古军将领将他们瓜分，从而解散了这些蔑儿乞惕部落。
前文说到，在这段时间，蔑儿乞惕部首领脱黑脱阿及其儿子们已同其多数百姓失去了联系，在蒙古西部边睡同乃蛮部王子古出鲁克过着流亡生活。成吉思汗率部穷追，追至阿尔泰山前。当时已是冬季（120年至1205年冬），成吉思汗便驻冬于阿尔泰山山麓。这时战场已移至乌兰达班——塔并兀刺群山。这些山岭峻拔高耸，峰顶海拔高达4000米。这是阿尔泰山的蒙古部分和俄国部分的交界处。科布多河发源于山东侧，向东流去，灌溉着一大片湖泊地区。山西侧是额尔齐斯河之支流不黑都儿麻河的发源地。乌兰达斑——塔并兀刺山地区非常荒凉。北部靠近科布多河一带很贫脊，只在海拔2000米至2400米的山上有一些落叶松。但在南部山区，山上的森林则一直下延到海拔1090米处，主要有雪松、欧洲山杨、杨树、柳树和冷杉。
脱黑脱阿和古出鲁克来到不黑都儿麻河畔，即今苏联塞米巴拉金斯克州内塞米巴拉金斯克市与阿尔泰斯克堡之间，集合起剩下的一些力量，企图凭借险要的地形重振旗鼓。1205年春，成吉思汗率军追来，两军又展开战斗。脱黑脱阿正战斗时，不知何方飞来一箭，正中要害，当即身亡。在此危急时刻，他的两个儿子来不及埋葬也来不及运走他的尸体，匆忙间只好砍下他的头，向遗体作最后的告别，携其头逃去。蔑儿乞惕人和乃蛮人向西南方向鼠窜，许多人在抢渡额尔齐斯河时落水而死（时值春暖，积雪融化，河水暴涨）。少数侥幸渡过河的人，都争相逃命，各奔东西，星散而已。乃蛮部汗位继承人古出鲁克一直向南逃奔，越过准噶尔草原，翻过天山，沿畏兀儿人地界库车一侧面行，过哈刺鲁之地（即今巴尔喀什湖东南之谢米列奇耶），最后来到哈刺契丹帝国（伊塞克湖以东今俄国土耳其斯坦境内）。在那里，命运为他作了出人意外的安排。
至于缓儿乞惕人忽都、合勒和赤刺温这三位王子，他们先逃到畏兀儿地面，想控制和占领别失八里、吐鲁番、库车等肥沃的绿洲。但是，畏兀儿王巴尔术派兵把他们驱逐出了界外。这一帮蔑儿乞惕人便向北流窜，来到巴尔喀什湖草原，在塔尔巴哈台之叶密立河流域与“饥饿草原”之间又悲惨地流浪了十来年。
据我们掌握的部分资料记载，公元1217年的一天，成吉思汗忽然想起了这些幸存的敌人，遂命令他手下最优秀的战略家速别额台前去征剿。他对速别额台说：
“彼等惨败之后，已是带套之野马，中箭之伤鹿，逃奔在外。汝今率领一支军马，前往剿灭彼等。如若彼等变为禽鸟飞上天，汝即变成苍鹰上天捕获之；如若彼等已似旱獭般钻入地之下，汝即像锹凿将彼等全部挖出；倘若彼等已化为鱼群潜人深海，汝应化为拖网将其一网打尽。在到达彼地之前，汝须翻越巍峨险峻之高山，跨越水深浪阔之江河。山高路远，行程多艰，故汝当借战马于未瘦之日；途路漫漫，宜节行粮于未尽之时。须知马既瘦则虽借而无用，粮至尽则虽节而已晚。草原茫茫，不乏鹿兔；关山重重，必多雁禽。不可纵军卒逐禽兽以为乐，不可驰战马无节制而行猎。须知行军之际，为补军粮之不足而行猎乃就地养兵之道，为竭未尽之余兴而逐兽乃赐误军机之举。如若汝等于行军途中行猎无度，则势必未见敌影，而战马已瘦，未及交锋，而士卒已疲。切勿令军卒套其鞍，不可使其搭辔闸口以行。套其鞍，则未战而伤马，闸口以行，则临阵难驰驱。凡违汝号令者，若系我之相识之人，可解来我处，由我裁处；若非我之相识之辈，汝可执而棒笙之，军法从事。”
接着，成吉思汗毫不掩饰地说明了他要派兵剿灭蔑儿乞惕部残余的原因。这一有趣的供认充分表明，童年时期的不幸遭遇给这位世界征服者留下了多么辛酸痛苦的难忘的记忆。他对速别额台说：“这帮蔑儿乞惕人，我早已恨之入骨矣！彼尝逼我逃入不儿罕台勒敦之山，阻绝路口，意欲生擒我而围我于此山之中。彼时我尚年幼，心中甚惧……当今之日，我誓擒彼等！纵需数年数月之久，我也要穷追不止，纵在天涯海角，我也要往追剿灭。务必穷追至长之端，深之底，尽灭彼等而后已！
汝今代我出征，我之心亦随汝征也，如此思之，必获长生天之护伤而必胜！”
为了使速别额台所串领的军队能顺利通过阿尔泰山和塔尔巴哈台山区，成吉思汗命工匠为他们打造了一种经得起山路颠簸的铁车。速别额台率领一支如此装备起来的军队，从扎木河经塔尔巴哈台直至垂河（即今之楚河）北岸巴尔喀什湖西部“饥饿草原”，穷追猛打，消灭了蔑儿乞惕部残余，圆满地完成了成吉思汗交给他的使命。
成吉思汗对敌对的蒙古部落蔑儿乞惕部的仇恨可说是根深蒂固的，这一点很值得我们注意。因为，很多问题可以因此而得到解释。首先，这是一个牧民之于对森林狩猎人，草原牧民对泰加森林中的猎人的由来已久的仇恨。其次，这是一种个人的仇恨。不要忘记，蔑儿乞惕人曾掳掠过成吉思汗的妻子。成吉思汗可能也认为长子术赤就是蔑儿乞惕人之后。
事有凑巧。当时兀都亦惕一蔑儿乞惕部的最小的王子忽勒突罕蔑儿干也当了成吉思汗的蒙古军队的俘虏。有人恰恰把这个俘虏带到术赤面前。忽勒突罕蔑儿干是一位杰出的弓箭手，他的年轻和机敏使术赤不禁产生了同情和怜爱之心。受一种同情心的驱使，术赤要求成吉思汗赦免忽勒突罕蔑儿干。但成吉思汗对蔑儿乞惕部已是铁石心肠，坚决不准术赤所请。蔑儿乞惕部的最后一位王子就这样像其亲属一样被斩首了……蔑儿乞惕人虽也是蒙古族人，但他们是属于那些不能被容忍的蒙古人，他们已不能成为统一的新蒙古民族的一员了。