淳于越的建议，原想让秦始皇放弃过于严厉的法治而以封建制度来解决各地区问题，特别是组织结构一向复杂的齐地。但想不到却换来了更严重的思想统制——焚书。
　　
　　由于新法令非常严厉，再也没有儒生敢以身试法，提出反对意见。因此只好把不满的情绪转入地下活动，却反而使这股批评力量传播得更快。秦始皇和儒生的关系，也因这件事迅速恶化。
　　
　　始皇35年，为突显秦始皇在皇室中的地位，决定在阿房宫加建“始皇登天台”。由于此事与宗教有关，始皇乃再度要求候公和卢生为其工作。
　　
　　卢生等在求取仙药上绩效不佳，为害怕始皇追究，乃趁机先提出他们的建议：
　　
　　“臣等为皇上求取灵芝仙药而屡次不获，是因皇廷内部有不良因素之所致……。为人主者应隐蔽自己的行为以避恶神，能避开恶神，仙人才肯到来。人主所居所行，臣下都很清楚，便会有碍神明降临意愿……因此，希望皇上日常所居及言行切勿随便为人所知，然后不死的仙药才能顺利获得。”
　　
　　经过7、8年密切相处，卢生等人的确相当能掌握秦始皇的心理。对一向缺乏安全感又好疑的皇帝，最害怕的便是别人窥视他私底下的言行。卢生这些话，秦始皇不见得相信，但正好让他有足够理由来刻意掩饰其私下的言行。
　　
　　没多久，有天秦始皇在新建成的梁山宫山上，看到宰相李斯的车骑阵容庞大，心中十分不满，便作了几句埋怨。侍从人员便将此事告诉李斯，李斯立刻减少跟随车骑。想不到秦始皇知道这件事后，勃然大怒，表示有人泄露其私下言行，便将当时在场的太监及侍从人员全部处死。虽然这件事所牵连的大多是嬖人而已，但所有的重臣和近臣都因而大感不安，再也不敢过分的亲近秦始皇了。
　　
　　最感到害怕的，却是始作涌者的卢生，他和始皇间秘密的事情最多，万一哪天有所泄露，就准死无疑了。因此他和诸儒生相为谋道：
　　
　　“始皇天性刚愎自用，并吞诸侯取得天下后，更是意得欲从，自以为功业冠古今。他重用狱吏及执法人员，虽有博士70人，备位而已。丞相等大臣也仅接受命令，一切以皇命为主。
　　
　　“始皇喜欢以刑杀为威，天下人因为害怕犯罪，更想保持禄位，根本不敢真正尽忠。他从未听过批评，所以日益骄傲，下面的人只好以欺瞒掩饰来取得皇上欢心……天下事大小均取决于上，皇上每天处理公事以石（120公斤）计算，日夜不得休息，贪图权势如此，是不可能帮助他求得仙药的……。”
　　
　　这虽仅是卢生逃避责任的借口，但从这里也可以看出，秦始皇到了晚年，由于受卢生等方士的影响，变得非常孤独；加上工作量庞大，日夜不得休息，更使他成了紧张而神经质的人。在这样的精神状态下，会作出怎么样的事情，其实已很难预料的了。
　　
　　卢生这段话，自然很快在儒生及方士间传开，很多人更表示，连最亲密的战友卢生都跑了，始皇帝的确已到众叛亲离的地步了。
　　
　　当这话传入秦始皇耳朵时，他暴怒了，立刻下达命令：
　　
　　“前些日子我下令搜集诸子百家书籍，不中用的全烧毁，又召集如此多的文学方术之士到此，主要想让天下能兴盛而太平啊！如今韩终率领求仙者不知去向，徐市更耗费国家巨万钱财而毫无消息……。卢生等人我是何等地礼遇他们，现在却这样的诽谤我，到处说我的坏话……。立刻去追查咸阳城内的儒生，哪个和卢生有来往、口出狂言、扰乱民生的，马上查办。”
　　
　　从这段命令中，我们可以感受到，秦始皇悔恨、痛心又无奈的心境，身为当代最高权力者，竟陷入如此困境，内心的苦痛实非笔墨所能形容。
　　
　　因此，始皇派遣御史审问在咸阳的诸儒生，儒生在害怕下，相互密告，总共牵引出460余位和卢生有关系之党徒。始皇下令全部活埋坑杀，罪刑较轻者发谪徙边，这便是历史上最有名的惨剧——坑儒事件。
　　
　　焚书是出于李斯的建议，目的在进行思想统制；坑儒则是由秦始皇自己发动的，原因是向欺骗他的方士报复。
　　
　　由于秦始皇这时已处在相当不正常的情绪下，因此没有人敢表示任何意见。只有始皇的长子扶苏，基于人道立场，向始皇规劝道：
　　
　　“天下初定，远方百姓的向心力尚且不够，诸生都是口诵孔子的门徒，吾皇降以重罪，恐怕会使齐、楚间的百姓更为不安呢！希望皇上明察。”
　　
　　尚在暴怒中的秦始皇自然无法接受扶苏不断的进谏，为了避免在眼前看了生气，他下令扶苏到边疆去监督蒙恬的北征军团。
　　
　　扶苏的个性很像年轻时代的秦王政，心胸则更开朗些，因此颇得本土派领袖之喜爱，秦始皇对他也相当信任。由于此事件，又失去惟一可以相信的儿子，使秦始皇更陷入严重的孤独和挫折中，两年不到，便猝死于东巡的半途中了。