清太宗第一次用兵朝鲜，暂时缓和了朝鲜对后金的威胁。然而，朝鲜并没有真正屈服。他们建立的所谓“兄弟之盟”的关系从一开始就充满了矛盾和斗争。
太宗从朝鲜撤兵不久，李倧就要求归还义州。他没有理由反对，就在天聪元年（1627年）七月，下令撤回镇守义州的将士。同时，他也要求李倧履行“盟誓”的规定，把逃到朝鲜去的“逃人”如数送回。这些“逃人”主要是不堪忍受后金压迫而逃到朝鲜去的辽东人，还包括这次战争中被俘的朝鲜人。他们在朝鲜大多建立了家庭。李倧“不忍”再让他们的父母兄弟离散，拒绝遣返。此事多次交涉，一直没得到解决。
战后，太宗不断勒索朝鲜财物，甚至把后金暂时的经济困难转嫁到朝鲜身上。天聪元年十二月，太宗派遣参将英额尔岱，游击霸奇兰去朝鲜，传达他的谕旨，要李倧卖给粮食，供应蒙古来归降的各部落食用。他强调，能否答应，是对“敦睦之谊”的考验。李倧先是以遭战乱“残破”为由，有意拖延。后无法，勉为其难，拿出一千石粮食以平价卖给后金。
这时，太宗专力用于征明，亲自率军入关，还派军追击蒙古察哈尔，一度放松了对朝鲜的注意。从天聪五年开始，双方在有关各自利益上发生了一系列争执，致使“兄弟关系”变得日趋紧张起来。
关于贡物，规定每年春秋两季和元旦（即新年），朝鲜要向后金纳贡。纳贡之礼，标志李倧处于战败者地位，但后来数目照比起初逐次减少。太宗很不满。天聪五年（1631年）正月，朝鲜使臣朴兰英受命前来贡春季礼物，因为不够数，太宗一样也不收。但他照旧拿出人参、鞍马、银两等作为回礼，赏给李倧和送贡物的使臣，并命英额尔岱将其回礼送到使臣的馆舍。朴兰英说：“既然不收纳敝国的贡物，我何敢受贵国的赠送？”英额尔岱说：“不纳你们的贡物，是因为你们违背誓言，贡额逐渐减少。”朴兰英也很不客气地说：“你认为我国贡物减少，而贵国的赐物不也减少了吗？”英额尔岱很生气，说：“如果两国和好，互相馈送，那你的话诚然有理。但你们无故帮助明朝侵犯我国，可惜老天不保佑，致使你们丧师，各将官连你朴兰英在内都被我活捉。等到我举兵征伐，你们国王丢弃城郭和百姓，窜入海岛。我国从宽处置，全返已得城池和土地，释放阵前俘获的各官，包括你都放还归国。这能说是你们以自己的力量获得生还吗？你们以保全性命、复还疆土之恩向我国纳贡，实自然之理，那为什么还要与我计较呢？”一席话说得朴兰英不敢再争辩，只好表示歉意。英额尔岱告辞回去，向太宗报告了使臣说的话，当即决定扣留朴兰英的儿子和同来的使者李必章，向朝鲜示威。接着，皇太极写信给李倧，指责他不如约纳贡，渐减数额，直接说出他的心理状态，是以明强金弱，才敢这样怀有“二心”。他威胁李倧，如果再敢助明进攻后金，“我国不必自劳心力，止调遣蒙古十万人，直趋尔国，尔惟有遁逃海岛而已。”《东华录》，天聪五年正月。虽然太宗多次下令要按数进贡，李倧照旧不理。这年底进贡元旦礼物还是不够规定数额。次年，天聪六年（1632年）元旦期间，太宗又写信斥责李倧。十二月，派巴都礼一行赴朝，重新规定贡物数额，李倧表示只能贡总数额的十分之一。李倧特别申明，贡物内金、银、牛角三项，这些都不是本国所产，不能“应命”贡奉。巴都礼一行返回沈阳，报告交涉经过，太宗大怒，下令驱逐使臣朴兰英回国，进贡元旦礼物也拒不收纳，令其全部带回。
朝鲜国王李倧见势不妙，心里有些发慌，一过了年，忙派礼部侍郎申得渊带上他的信，还备齐春秋两季的土特产，携来沈阳。李倧在信里对重定贡额作了解释，想消除后金的误解，但又不愿照数纳贡。他写道：“敝邦地瘠民穷，土产实在难以办全。现在定的数目又比以前增加了十倍，这不是诚心相待之意。所以，除掉土产外，其余全部依议去办。”正月十五日，使臣申得渊回国，带去太宗的一封信。信中说：“我这次多定数额，是因为你国渐渐轻视我，每每以贪利讥讽，我甚感遗憾。你供奉明朝的礼物那么多，而且它的使臣欺侮你国，搜括无厌，你为什么不感到难受？而惟独对我这区区之物反生怨恨呢？如依我的主意，春秋遣使往来如故。不然的话，干脆停止使者一切往来，互市贸易例外，可以照常举行。如果你吝惜财物，不愿进贡，也行，但有个条件：你需出兵帮我伐明一次，再调大船三百只，帮我攻取明兵占据的海岛。你究竟是借我兵船，还是如数进贡，这两项任你选择其一。”过了一个多月，李倧复信，太宗看后很失望。因为李倧逐条驳斥了对方的指责，他既不借船，贡额也不准备按规定增加，甚至他提出互市贸易也想“永绝”。这一下又激怒了太宗，他在回信中声明，这是有意要挑起战争，责任完全在李倧方面以上参见《东华录》，天聪五年、六年、七年。。
关于与明朝的关系，更是双方矛盾的一个尖锐问题。清太宗想方设法离间和挑拨李氏朝鲜同明朝的传统友好关系，直至动用军事力量来迫使朝鲜完全站到后金方面，使之成为它的一个可靠的盟友。可是太宗似乎还不了解朝鲜与明朝有着多么深厚的感情，任凭他有强大的力量也难于在一天或很短的时间切断他们之间的牢固联结。李倧坚持明为君、后金为兄的外交原则，把明摆在第一位，后金第二位。他与后金议和不久，就向明朝作了报告，说他与后金签订和约不过是“羁縻之术”，深得崇祯皇帝谅解。崇祯三年（天聪四年，1630年）六月十九日，崇祯发下一道谕旨，鼓励朝鲜要卧薪尝胆，“励节弥坚，修防自固”，蓄养威武，增强国力《明清史料》，丙编第1本，20页。。李倧由于得到明朝的支持，于天聪七年（1632年）二月给太宗的信中，再次断然拒绝要他与明朝绝交的无理要求。他继续与明朝保持一致，保护它在朝鲜的利益。例如，他允许明朝仍然驻兵皮岛。自从毛文龙死后，明朝任命参将黄龙为都督佥事，率兵五千余从山东调来皮岛镇守，继续从后边牵制后金，使它不得放心大胆地西进伐明《东江遗事》，卷下。。李倧允许他们登岸，在龙川、铁山等地耕种。除此，还拨给五十只船使用，每年春秋两次给米二万六千包《汉译〈满文旧档〉》，152页。。后来，明将孔有德、耿仲明叛明归后金，李倧还派兵助明截杀。相反，后金向朝鲜借船、借粮，一概不借。后金使者赴朝专办此事，李倧三天不见来使《清太宗实录》，卷9，5~7页。。
双方在类似上述重大原则问题上严重对立，就是在一些具体问题上也不断发生摩擦。比如，每年都有一些朝鲜人越境跑到后金这边采参、打猎。太宗屡次下令严禁，毫无收效。还有，后金方面的人去朝鲜贸易，价格不合理，被激怒的朝鲜人常抢夺他们的马匹。被后金判成死罪的人潜逃朝鲜，被保护起来《东华录》，天聪五年十一月。。……太宗或派使臣，或致书信，反复督促，李倧总是敷衍不办。
到天聪九年与十年间，与朝鲜的关系已到了破裂的边缘。而由于清太宗称帝，促使双方的矛盾急剧激化起来。天聪十年（1636年）二月初，满汉贵族和外藩蒙古各部王公联名致书朝鲜国王李倧，请他派亲近子弟来沈阳，同他们一起向太宗“劝进”，上“皇帝”尊号。户部承政英额尔岱携带这封信，率领一个百七十余人的庞大的代表团出使朝鲜，明里说将此事通告“兄弟之邦”，实际是压朝鲜承认清太宗称帝的合法地位。
消息传来，李朝统治集团一阵哗然。自丁卯（1627年）战争以来，在其内部一直存在主战与主和两派。当时，在兵临城下的危境中，力主和议的一派占了上风。和议告成后，后金每年需索勒逼，朝鲜忍气周旋。有个大臣叫玉堂，他流着泪说：“竭生民之膏血，行人之玉帛，卑辞乞怜者，十年于兹矣！”《李朝实录》，仁祖，卷32，163页。这话说得很令人痛心。他们已经忍受了十年苦楚，他们要重新振作起来。主战的声浪一天比一天高涨。他们一听说金汗称帝，纷纷上疏、面奏，痛斥后金。掌令洪翼汉说：“臣自呱呱坠地之初，只知道有大明天子。我们尊他（指清太宗）为帝，还有什么脸面立于天下！”《李朝实录》，仁祖，卷32，163页。他建议杀掉来使，割下头，连同他带来的信，一起交给明朝。大臣玉堂说：“金虏称帝是窃伪号，我国将成为他的属国，向他称臣，这是以堂堂礼仪之邦俯首于犬羊之虏。”他主张将使臣拘禁起来，不准到京城。过了几天，太学生金寿弘等一百三十八人上书国王，请求“斩虏使，焚虏书，以明大义。”这些人还斥责主和派，要求处死他们以谢国人。李倧以为这样做，有些过分。最后，他确定了如下方针：（一）不接见来使，（二）不接受联名信，（三）不派人“劝进”。英额尔岱率使团一到京城，就被监视起来，他们住的馆舍也派了军队把守，气氛很紧张。他们一出门，很多老百姓拥塞道路围观，有些小孩子拾起碎瓦、石块向他们投掷以上均见《李朝实录》，仁祖，卷32，164页。。显然，朝鲜举国上下已掀起一股仇视金国的浪潮。英额尔岱大怒，率使团不告而辞。李倧既不阻拦，也不欢送，只派人追上使团，把他写给太宗的信交使团带回。同时，他下达动员令，调兵遣将，实行全国备战。这些备战的谕旨也被英额尔岱弄到手，回到沈阳，一并呈上。
太宗看了信，知道朝鲜决意断绝和好，便召集诸贝勒大臣，传示了这封信。此刻，在他们的头脑里，除了进行战争，大概不会有另外的想法。太宗与众不同的是，他不想冒冒失失地就兴兵征讨。他还要等一等，先礼后兵，决定再派使臣致书李倧，陈说利害，要他把自己的一个儿子和亲信大臣送到沈阳作人质，来表示诚意，否则，再议兴兵。三个月过去了，已经到了四月，太宗举行盛大的登基典礼。从这时起，改国号为清，改元崇德。朝鲜使臣罗德宽和李廓也参加了典礼，但惟独他们两人不参拜，不行大礼。太宗被使臣的傲慢深深激怒了，气冲冲地说：“这都是朝鲜国王有意构怨于朕！”在罗、李两使返国的时候，太宗修书一封，让他们带给李倧。他们在途经离国境不远的通远堡地方，给当地守臣写了一封信，然后走了。信写道：“朝鲜春季来使罗德宽、李廓明告金国驻守通远堡大人：我等奉主命出使，贵国忽生异心，以势逼迫。但吾首不能自断，一切羞辱，俱已受尽，此古今所无之事也。今幸得至我界，甘受国法而死，尚复何言！”《清太宗实录稿本》，崇德元年，辽宁大学历史系印本。罗、李通知通远堡守臣，太宗给李倧的信已留在他们住宿的地方，装在马背上的一个鱼米驮子里，让他们赶快取出来，转给太宗。原来，他们临回国前，英额尔岱和马福塔奉命把太宗的信交给他们。罗、李想打开信，看看里边有什么不合规定之处。英额尔岱、马福塔立即加以制止，将信系在马身上，撵两位使臣出城。他们行至十里河地方（沈阳苏家屯南），打开太宗的信，只见书套上的称呼、押印，都与以往规定不合。再看信中内容，以“尔”、“我”互称，责备谩骂的话不少，“毫无兄弟相敬之意，视如奴隶”。他们感到把这封信带给国王，是自辱其君，死有余辜了。他们考虑了一番，决意把信留下。走到通远堡，眼看就要出国界，他们把信混在一百卷纸里，包成一个包裹，装在马背上的驮子里，诡称马生病，将马留在住宿家《清太宗实录稿本》，崇德元年。，便扬长而去。
按理说，他们是不该私看给国王的信件的。显而易见，他们是得到授意才敢看的。太宗发怒，这是可以想像到的，我们且不去说它。过了不久，李倧派使臣送来他的一封信，太宗拒绝收纳，说：“你们国王既然不看朕的信，朕何必看他的信！”他把来使打发走，信原封不动退回。太宗曾要求李倧交出一个儿子为人质，也遭到拒绝。这表明，两国的关系完全破裂，已经没有挽回的余地。太宗这才下了最后的决心，倾全国之兵，亲征朝鲜。
十二月一日，奉召的蒙古各部率兵会于沈阳，加上八旗兵，号称十万。太宗指令礼亲王代善、睿亲王多尔衮、豫亲王多铎、贝勒岳托、豪格、杜度等随他出征。第二天，太宗率军出发。
李倧“斥和”之后，深知朝鲜“朝夕被兵”《李朝实录》，仁祖，卷33，183页。，战争是不可避免的了，因此在思想上、军事上都作了准备。崇德元年（崇祯九年，1636年）九月，明监军黄孙茂奉命来到朝鲜，视察防务，与朝鲜共同制定防御清国的战略。李倧很担心清兵一旦进犯，朝鲜“兵残力弱，无以抵敌”，只盼望明朝发兵来救《李朝实录》，仁祖，卷33，183页。。这位黄监军知道明朝自身难保，对朝鲜也是爱莫能助，只好说几句冠冕堂皇的鼓励话。事实的确如此。尽管朝鲜做了多方面的备战，也无法与变得更加强大的清兵相匹敌。太宗率大军于九日到达边境城市镇江附近。次日，挥军渡江，当天就攻陷义州，进入朝鲜境内。从此，清兵以破竹之势，迅猛向前推进。十二日，占郭山城；十三日，降定州；十四日，入朝前别出一军已进入平壤，守城巡抚逃之夭夭。其前锋至王京，李倧逃到南汉山城，清兵闻讯，急驰包围。二十九日，太宗率大军由城外渡汉江，直抵南汉城驻营。朝鲜援兵几次赶来会战，都被清兵击溃。六十六岁的额驸扬古利在会战中被朝鲜兵击毙。三十日，首都汉城落入清军之手。
崇德二年（1637年）正月，太宗连连向李倧发出通牒，责令他出城投降。这时，朝鲜援兵已绝，李倧和他的部分阁臣蜷缩孤城，智穷力竭，一筹莫展。在这生死存亡之际，李倧作为一个封建统治者，根本不能唤起民族实行抗战，而当军队彻底崩溃时，他立刻变得呆若木鸡，决计投降。太宗见时机已到，提出几项条款，压李倧接受，否则就不准予投降。归纳起来，这些条款是：
（一）除掉明朝年号，断绝同明朝的一切交往，献纳并废除明朝发给的所有诰命册印。
（二）奉大清国正朔，每年三大节及喜丧等事，均行贡献礼，所有往来礼节，均照明朝旧例实行。
（三）每年向清朝进贡一次，其品种及数目有：黄金一百两、白银一千两、水牛角二百对、豹皮一百张、鹿皮一百张、茶叶一千包、水獭皮四百张、青鼠皮三百张、胡椒十斗、腰刀二十六把、顺刀二十把、苏木二百斤、大纸一千卷、小纸一千五百卷、五爪龙席四领、各样花席四十领、自萱布二百匹、各色棉二千匹、各色细麻布四百匹、各色细布一万一千四百匹、米一万包。
（四）李倧长子和另一子及诸大臣子弟为人质，常驻沈阳。
（五）惩办“斥和”主战的大臣，交给清朝处置《东华录》，崇德二年正月。。
为了保住身家性命和他的政权，李倧全部接受了上述条件。与此同时，太宗通告李倧，江华岛已被攻取，他的王妃、儿子和部分阁臣已做了俘虏，安然无恙，妥善安置于营中。李倧闻听此信，不再徘徊城中，于三十日下令放下武器，出南汉山城，到清军大营投降。太宗在汉江东岸三田渡筑坛，架设黄幄，在这里举行受降仪式，正式定盟，确立了清朝与李氏朝鲜的君臣关系。此役历时整整两个月。二月二日，太宗下令班师，李倧率群臣出王京十里跪送。
这次战争彻底征服了朝鲜，清朝从根本上解除了后顾之忧，太宗不但可以一意向西伐明，而且从朝鲜获得了大量人员、物资和财富，进一步增强了它的国力。