当复仇的烈火一经点燃，清太宗的父亲努尔哈赤就马不停蹄、人不息肩地战斗下去。他不仅要为一家一姓复仇，而且要为振兴本民族即统一女真战斗。统一，是女真社会发展的要求；统一，是满族兴旺发达的进步之路。努尔哈赤担负了历史赋予的神圣使命，为此奋斗了一生。
至迟到了明中叶，辽东抚顺以东，开原以北的明朝“边外”广大地区已布满了女真人。他们在那里从事农业、手工业以及商业交换。边远地区也有从事捕渔和狩猎的。在汉族及邻近的朝鲜人影响下，建州、海西等部女真的生产和生活方式彼此基本一致，同汉族等民族也在形式上差别不大。有些亲自到过建州女真居地的人反映，他们喜欢从事定居的农耕，善于纺线织布，饮食衣服，颇有华风毕恭：《辽东志》，卷7，引“东戎见闻录”。。有人看见海西女真也重视农业生产，他们住房居室，耕田种谷为食魏焕：《皇明九边考》，卷2，“辽东镇边夷考”。。有人强调开原附近的海西女真，过着定居生活，从事农业生产，同古代“逐水草”的匈奴人不一样瞿九思：《万历武功录》，卷11，“王台传”。
共同的经济生活，共同的地域，以及在维护共同的利益上的联合斗争，等等，促进了女真各部的统一。建州卫、建州左卫、建州右卫，他们的一致性最明显，无论是生产方式，还是阶级结构，都完全相同。李满住、董山、凡察及其后人，都世代为奴隶主，他们统治和剥削广大的奴隶与自由民。在他们的社会里，奴隶主是统治者，叫“贝勒”或“额真”，他们占有生产资料，同时也占有生产者奴隶；奴隶是被统治者，叫“阿哈”，他们从事劳动，奴隶主坐享其成。此外还有自由民，叫“诸申”、“伊尔根”，他们同奴隶主属于一个阶级，但社会地位不如奴隶主高，财产一般也不多，其中有一些也是劳动者。建州女真的奴隶制在努尔哈赤时不仅普遍存在，而且在起兵后又有很大发展。他自己及随从他驰骋沙场的大小头目，都占有了多少不等的奴隶。“自奴酋及诸子，下至卒胡，皆有奴婢（互相买卖）、农庄（将胡则多至五十余所），奴婢耕作，以输其主。”李民：《建州闻见录》，辽宁大学历史系印本。与此同时，海西女真的奴隶制也发展起来。早在15世纪中叶，明朝官员到海西，就亲眼看见那里的女真人家里，奴役很多汉人，驱使耕作。这些奴隶有的是被抢掠去的，有的是逃避明朝的徭役或因犯罪而跑去的《明英宗实录》，卷103，10页。。女真各部已从实践中认识到联合起来对维护共同利益的必要性和重要性。他们的联合措施最初是简单的原始的，如李满住时期在他们中间流行一种传箭制度，凡遇出兵，就在各部间进行传箭，到时候一致行动。这就是一种统一和联合。李满住也因多次采取这种统一和联合行动而在各部女真中提高了威信，成为领袖。后来王台，在海西和部分建州女真中也实现了一定的统一。努尔哈赤起兵时那种眼花缭乱的争雄，是女真从分散走向进一步统一的必然趋势。努尔哈赤出身于女真贵族奴隶主，他以复仇相号召，起兵消灭邻近部落，正是在这一潮流中，从推波助澜到更加自觉地为实现统一女真各部而战斗。比较起来，努尔哈赤更胜过李满住与王台等，他既适应女真社会的基本状况，又在统一的过程中把女真社会推进到一个更高的水平。在他的努力奋斗之下，满族共同体稳固地形成了。
努尔哈赤不像李满住那样只做临时性的联合，时合时散，也不像王台那样满足于表面上的服从，实际上各行其是。他是由近及远，“恩威并行，顺者以德服，逆者以兵临”《满洲实录》，卷1。。一个个削平，由小到大，实现完全的统一。
从万历十一年（1583年）起兵，到万历十六年（1588年），努尔哈赤首先统一了建州女真各部。他为了使统一大业稳步前进，从一开始，就重视建立巩固的基础。最初，在他的家族中有相当多的人对他不信任不支持，有的散布流言蜚语，有的秘密行刺，他都凭着机智勇敢，及时发觉，一个个战胜他们。万历十二年，即努尔哈赤起兵的第二年，又有一名同族人理岱，是浑河部兆嘉城的首领。他一马当先，勾结一伙人请哈达的兵来劫夺属于努尔哈赤的瑚济寨，引起努尔哈赤的愤怒，决定发兵征伐他。时值阴历正月，辽东山区冰封雪飘，至噶哈岭，山险难进，亲近的族叔及兄弟都劝努尔哈赤收兵，他坚定地说：“理岱是我的同族，他能忍心领着别人来害我，难道我就甘心吗？”路难走，凿山作磴，鱼贯而上，将马用绳拴着往岭上拽，到了理岱城下，曾经破坏努尔哈赤攻打尼堪外兰的龙敦又给理岱报信，理岱聚兵登城，准备抵抗。有人又对努尔哈赤说：“城内已有防备，怎么能攻下？不如返回吧！”努尔哈赤信心十足地表示：“我明知道有防备，也不想收兵！”他下令攻城，即刻获胜，活捉理岱，免予处死，凯旋而归。但是尽管有如此胜利，努尔哈赤的困难处境并未根本改善。龙敦唆使努尔哈赤异母弟萨木占谋杀了他的妹夫噶哈善。噶哈善是萨尔浒部嘉木湖寨的首领，最早投奔努尔哈赤，而且对他无比忠诚，努尔哈赤又把亲妹妹嫁给了他。努尔哈赤见噶哈善遇害，带领兄弟们去寻尸，因为他们都和龙敦同谋，谁也不跟他去，他只好带很少几个人走了。尼玛兰城的首领棱敦是努尔哈赤的族叔，他出来劝努尔哈赤说：族中很多人怨恨你，去了有危险。努尔哈赤决心向怨恨他的人示威，披甲跃马，登城南横岗，弯弓盘旋，再回到城里，叫号：“有敢杀我的，站出来！”族中那些持异议的人吓得无一个敢应战。努尔哈赤收回噶哈善的尸首，以礼厚葬。
两个月以后，努尔哈赤领四百兵为噶哈善报仇，往攻纳木占、萨木占、纳申、完济汉，在漫长而又艰险的玛尔墩山（辽宁省新宾县境的玛尔墩岭）展开激战。山势陡峻，努尔哈赤命令三辆战车并进；到路狭处，一车前进，二车随行；路再狭，以三车联络上攻。城上飞石下击，又用木棍撞车，前车被摧毁，后车跟着上；两车皆毁，很多兵躲在一个车的下面，缩头不敢攻。努尔哈赤身先士卒，将纳木占等四人射倒在城上，然后命令攻城的兵稍稍后撤，进行包围，断绝敌兵归路。连战三天，到第四天，再令所有的兵都赤着脚，登山偷袭，终于攻占了这座山城。这是努尔哈赤从苏子河到浑河一带所取得的又一胜利。
万历十二年（1584年）九月，努尔哈赤的兵锋转向了鸭绿江支流的佟家江流域。进攻的目标是栋鄂部。栋鄂部或写作董鄂部，也是建州女真的一部，在明朝为毛怜卫。当时他们正在内讧，努尔哈赤说，栋鄂已经自乱，我们不乘此机会进攻，等他们和睦了一定来进攻我们。他认为机不可失，就率领五百兵，进攻栋鄂部长阿海所居住的齐吉达城。阿海纠集四百兵，关闭城门抵抗。努尔哈赤派兵将悬楼并城外房屋全部焚毁，在即将攻下其城时，天降大雪，下令罢兵。这一战，给栋鄂部以沉重打击。
统一女真的这场战争，在以赫图阿拉为中心的东西两侧进行。万历十三年（1585年）四月，努尔哈赤同其弟穆尔哈赤领兵五百，又西征浑河流域的哲陈部。这次遇到大水，只留八十人，披绵甲的五十，披铁甲的三十。加哈的首领苏库赉呼暗自告密，于是托漠河、章佳、巴尔达、萨尔浒、界藩五城知道后，联合起来抵抗。后哨章京能古德飞报努尔哈赤，走错了路，没有找到，努尔哈赤继续深入，见敌兵八百余人，布阵在浑河至南山之间。努尔哈赤五祖的孙子扎亲、桑古哩二人看到敌人耀武扬威，万分恐惧，解甲给别人，自己不敢上阵。努尔哈赤斥责他们：“你们平日在家，称王称霸，现在遇到敌人，为什么怕到这样程度？”说完，举着大旗往上冲。敌人按兵不动。努尔哈赤下马，与弟穆尔哈赤，带领两个随从，四个人步射前进，直入重围，混杀敌兵二十，敌人大败，全部渡浑河逃走。打败敌兵，回营以后，努尔哈赤高兴地说：“今天以四个人，打败敌兵八百人，真是天助我也！”《满洲实录》，卷2。当年九月，努尔哈赤又攻破了苏克素护河的安图瓜尔佳城。第二年五月，攻克浑河部的贝欢寨，七月环攻哲陈部的托漠河城。万历十六年（1588年），攻克完颜城，杀其酋长岱度墨尔根。至此，建州部所属的苏克素护河部、浑河部、完颜部、栋鄂部、哲陈部，或征服，或招徕，基本上归于统一。清代文献记载这一重要历史发展成就说：
“环满洲而居者，皆为削平，国势日盛。”《清太祖武皇帝实录》，卷1，8页。
统一建州各部，是努尔哈赤完成全部统一女真大业的第一步。这一步，他干得很出色，很成功，表现了他意志坚强，有勇有谋。他在处理诸如以下几个关于事业成败的问题上，措施得当，收效极好。
第一，建立巩固的根据地。在这一时期里，多数是就近用兵，往往是打完仗以后就收兵回营，前方后方，往来频繁，必须后方支援和配合前方。为了用兵需要和给下一步扩大战果打下基础，万历十五年（1587年），努尔哈赤在呼兰哈达山下东南约三里的二道河子建筑了费阿拉（旧老城）。这里周围群山环抱，首里河与夹哈河穿过群山流向苏子河。城建在两河之间的山坡上，山的东南西三面为断崖绝壁，只有北面平坦。初建时“筑城三层，起建楼台”《满洲实录》，卷2。。这个椭圆形的山城后来一度发展成为努尔哈赤所在地的政治、经济中心和军事行动的根据地。城本身也逐步扩大，相当宏伟。万历二十三年（1595年）朝鲜南部主簿申忠一出使建州，亲临城下，他在自己的记录中描述了这个城的规模。据他说，这个城分内城与外城，“外城周仅十里，内城周二马场许”。筑城的方法是：外城先以石筑，上数三尺许，次布椽木；又以石筑，上数三尺，又布椽木，如是而终，高可十余尺。内外皆以粘泥涂之，无雉堞、射台、隔台、壕子。外城门以木板为之，又无锁钥。门闭后，以木横张，如我国（朝鲜）将军木之制。上设敌楼，盖之以草。内城门与外城同，而无门楼。内城之筑，亦同外城，而有雉堞与隔台。自东门，过南门，至西门，城上设候望板屋，而无上盖，设梯上下。城内城外所有居民，都按亲疏贵贱加以区别：内城内，又设木栅，栅内奴酋居之。内城中，胡家百余；外城中，胡家才三百余；外城外四面，胡家四百余。内城中，亲近族类居之；外城中，诸将及族党居之；外城外居生者，皆军人云申忠一：《建州纪程图记校注》，辽宁大学历史系印本，14~17页。。努尔哈赤这时既是女真的首领，也是明朝建州左卫的都指挥使。他筑费阿拉城时，据另一名朝鲜人柳濂所说，明朝还派去了画工与瓦匠。瓦是当地烧的《李朝实录》，宣祖卷69，17页。。
第二，设法保证物资供应。努尔哈赤刚起兵时，武器少，粮饷不足。起兵第二年的五月的一天，努尔哈赤夜宿，发现有人进屋，他穿好短甲，故作外便状出去探视，在烟筒旁侧乘电光闪过看见一个敌人已经逼近。他发一箭射去，不中，再追射一箭，伤敌两腿，又用刀背击其头，把那个人打昏在地。亲族兄弟们劝努尔哈赤把他杀掉，努尔哈赤不同意。其理由就是怕那个人的主子发兵来抢粮食。努尔哈赤说，没有粮食，部属就会叛逃。同时指出，引来敌人进攻，弓箭器械不足，防御也很难《满洲实录》，卷1。。为了解决物资供应，努尔哈赤先是以明朝发给的三十道敕书，与明朝进行朝贡贸易。从万历十五年起，明朝因误杀其祖、父，又每年给银八百两，蟒缎十五匹。随着统一建州女真的成功，敕书猛增到五百道，即明朝发给建州女真的全部敕书都归努尔哈赤掌握了。此外，还努力发掘境内的土特产，与明朝互市。那时在抚顺、清河、叆阳、宽佃四处关口，拿出交易的土产计有：明珠、人参、黑狐、玄狐、红狐、貂鼠、猞狸、狲、虎、豹、海獭、水獭、青鼠、黄鼠等皮。由于广开财源，物资日益增多，努尔哈赤统治的地区“民殷国富”《清太祖武皇帝实录》，卷1，8页。。
第三，坚持同明朝和好。努尔哈赤起兵，从根本上与明朝维持封建统治的安定与统一是矛盾的。但是，努尔哈赤巧妙地避开与明朝直接冲突。他多次率兵出征，都不和明军宣战，限定在明朝的“边外”活动，使明朝一时觉察不到有害于他的存在。努尔哈赤祖、父虽死于明军兵火，而他只追究尼堪外兰的罪责，没有把矛头指向明朝。具有讽刺意味的是，努尔哈赤以更加忠诚的姿态出现在明朝统治者面前。万历十七年（1589年）九月，明朝特提升他为建州左卫都督佥事《明神宗实录》，卷215，3页。。因为他经常于抚顺诸堡送还女真所掠汉族人口，他还斩了掳掠柴河堡并杀害了明指挥刘斧的木扎河部女真酋长克五十，祖、父有殉国忠，本人又率数十部落酋长约束建州、毛怜等卫女真姚希孟：《建夷授官始末》，载《明经世文编》，卷501。。
第四，采取远交近攻的策略。努尔哈赤发兵攻取邻近的建州女真各部时，对远处的海西女真采取了友好的态度。当时南北关正陷入一场家族和派别的混战之中，努尔哈赤为了度过自己由弱变强的暂时困难时期，分别与南北关交好。南关自王台死后，子虎儿罕赤，虎儿罕赤子歹商（岱善），一脉相承，忠于明朝。北关清佳砮、杨吉砮最先造王台反，王台死后，他们兄弟二人不可一世，扬言“我虏中以强为霸”瞿九思：《万历武功录》，卷11，“逞加奴仰加奴传”。，不但要把王台诸子置于属下，而且要取得明朝发给南北关的全部敕书。因为此二人势力日益强大，又勾结蒙古诸部攻击王台余众，扰乱了边境，明总兵李成梁等于万历十一年（1483年）十二月，在开原附近的中固城设下伏兵，约来清佳砮、杨吉砮，令其遵守明朝法规，二人不听，伏兵四起，斩了二人及其子等一千五百余人。从此北关势力被削弱。清佳砮子布寨（卜寨）、杨吉砮子纳林布禄（那林孛罗）不得不服从南关。王台共有五子，后妻温姐所生孟格布禄为第五子，袭爵龙虎将军、左都督，明朝发给他敕书，令他约束布寨、纳林布禄及所属部众。而王台另一子康古鲁，与虎儿罕赤因争夺财产有矛盾，康古鲁同后母温姐结了婚。温姐是清、杨二砮之妹。康古鲁与温姐都亲北关。他们结伙对付歹商。明朝蓟辽总督张国彦、辽东巡抚顾养谦对此了如指掌，他们支持歹商，囚康古鲁，兴师讨北关，布寨、纳林布禄“倒戈乞哀”苕上愚公：《东夷考略》，“海西”。。努尔哈赤先与北关结亲，后又与南关通婚，目的是想与海西保持和平，集中全力统一建州各部。万历十六年（1588年）四月，哈达王台的孙女、虎儿罕赤的女儿，由其兄歹商亲自送到努尔哈赤那里，他本人迎接至洞（地名），回到家以后设宴成婚。充分反映出努尔哈赤很重视这门亲事，明朝有意让南关与努尔哈赤结亲，以此壮大南关的声势，压抑北关，使其不在边境作乱瞿九思：《万历武功录》，卷11，“歹商传”。。
从万历十七年以后，努尔哈赤继续扩大统一女真，成了他用兵的主要趋向。除了以武力征服，或用和平方式招徕，统一建州女真余部，更主要的是把统一的目标放在海西女真及东海女真各部。万历十七年，努尔哈赤领兵征赵家（兆嘉）城，杀其首领宁谷钦（宁古亲）《清太祖武皇帝实录》，卷1，9页。。赵家城仍属于苏子河流域，这次用兵就带有统一建州女真余部的性质。
把统一的范围向更远的方面扩大，始于征长白山鸭绿江部。鸭绿江部在栋鄂部的东南，因在鸭绿江岸得名。万历十九年（1591年），努尔哈赤派兵去攻城略地，一举尽克，胜利而回《满洲实录》，卷2。。
努尔哈赤的统一及其胜利，在女真内部引起强烈的反响。不仅一个个被征服的小部落随时进行抵抗，力量相当或大于努尔哈赤的也忍不过出来干涉，或进而联合起来与他抗争。万历十九年（1591年）叶赫的首领纳林布禄派部下伊勒当、阿拜斯汉二人到努尔哈赤那里威胁他说：“乌拉、哈达、叶赫、辉发、满洲，整个的是一家，难道应该有五个王吗？你们人多，我们人少，可把你们的额勒敏、扎库木两个地方，任选一个让给我们。”努尔哈赤争辩说：“我们是满洲，你们是呼伦，你们国家大，我们不应该要，我们国家大，你们也不能强取。何况一个国家，比不得牲畜，岂有随便分给别人的道理！”《清太祖武皇帝实录》，卷1，9页。
叶赫纳林布禄向努尔哈赤要地不予，很不甘心。他的力量已赶上哈达，锋芒毕露。他联合哈达、辉发两部，各派遣使臣，再次到努尔哈赤那里挑战。叶赫使臣傲慢地声称：“过去要地不予，让你归顺又不从，两家化为仇敌，只有我们的兵能打到你处，你们的兵敢来我们的土地上吗？”一番话激怒了努尔哈赤，抽刀断案，当场反击。他说：“你的主子兄弟，什么时候和人打过仗，交马接刃，碎烂甲胄？往年孟格布禄、歹商叔侄自相残杀，像两个小儿争吃骨头一样，你们趁火打劫，根据什么把制伏我也看得那么容易？你的四境，真的有高墙可以阻挡吗？我即使光天化日去不了，晚间也能去到那里，你们能把我怎么样？虚张声势，究竟要干什么？过去我父亲被大明误杀，给我敕书三十道，马三十匹，送还尸首，坐受左都督敕书，续封龙虎将军大敕一道，每年给银八百两，蟒缎十五匹，你的父亲也被大明所杀，他的尸首，你收到了吗？”把这些话写成信，派人送到叶赫，要当面对纳林布禄朗读，被布寨制止。努尔哈赤竭力表白自己的勇敢、自信和有明朝的支持。就这样，仍有一些女真大小部落不愿服从他的统一。此后不久，长白山所属朱舍里、讷殷二部，共同勾结叶赫兵，将建州东部叶臣所占据的洞寨劫去。这一切反映出叶赫是努尔哈赤进一步统一的障碍。但是，论形势和力量，一时间还不可能除掉这个叶赫。有人把叶赫支持反统一的情况报告给努尔哈赤，他无可奈何地表示相信“水必下流”，千条小河终究要归入大海。
以反统一的各种势力为一方，以继续扩大统一成果的努尔哈赤等为一方，两者进一步的较量是不可避免的。自从努尔哈赤把统一女真的范围扩大到建州的边远各部及以外各部以来，叶赫等就开始了反统一的联合。努尔哈赤不断地粉碎了他们为数较少的几次串联，他们不肯就此罢休。因此酿成了古勒山大战，即努尔哈赤与叶赫等九部联军的一场决斗。
古勒山大战发生在万历二十一年（1593年）九月。主动挑起这场战争的是叶赫首领布寨、纳林布禄，哈达首领孟格布禄，乌拉首领满泰弟布占泰，辉发首领拜音达里，嫩江蒙古科尔沁首领翁阿岱、莽古、明安，锡伯部，卦勒察部，朱舍里部首领裕楞额，讷殷部首领搜稳塞克什，各率所部，共九部兵，会聚一处，分三路向努尔哈赤所在地攻来。这是努尔哈赤起兵以来遇到的最严重的局势。虽然他在以前的所有战争中都取得了胜利，也有了一定的力量和经验，但是对付这么多的敌人，毕竟是第一次。他胆大心细，不作等闲视之。努尔哈赤接到情报后，派人东向探视，走出百来里，见乌鸦成群噪叫，知敌兵非从此路攻来；又转向西行探视，入夜，见浑河北岸敌人兵营，“火如星密”，回来报告。努尔哈赤说：“人们都传叶赫最近要发兵来，现在证明这是真的。”为了不使城内人民受惊，传令天明出兵。所有应布置的事一一处理完毕，他从容不迫地回到家里睡觉。他的夫人很不安，推醒他问：“现在九部兵马攻来，你为什么还睡大觉，是糊涂，还是害怕？”努尔哈赤坦然回答：“害怕敌人的人一定睡不好觉，我因不怕敌人，所以我能熟睡。”他又解释说：“传说敌人要来，没有见到，心神不定；现在已经知道敌人来了，我们就安心了。我相信，有天的保佑，他们反对我，不会有好下场。”说完以后，继续睡觉养神。
第二天，努尔哈赤吃过饭，作战斗部署：一是率将领谒庙拜神，请求万灵神祇，令敌人垂首，我兵奋扬，就是对将士进行精神鼓励；二是把兵带到拖索寨，站在渡口，命令军士解开臂手，顿项留下，以便轻装上阵；三是向扎喀关进军，准备迎敌。因为敌人见扎喀关难攻，转向赫济格城，两军没有立即交锋。
摆在努尔哈赤面前的难题是，敌众我寡怎么办？探子不断来报告，敌兵甚多。从叶赫营中逃来一人详细报告了九部兵数，计叶赫一万，哈达、乌拉、辉发一万，蒙古等三部一万，共三万。努尔哈赤部下有人听到敌人兵多，异常畏惧。努尔哈赤安慰他们说：“你们大家不必忧虑，我不会白白让你们送命。”原来他胸有成竹，已想出破敌妙计：第一，诱敌深入。我立险要，诱彼来战，彼来我迎；诱而不来，我则四面分列，步行徐进。第二，专打头目。敌人头目很多，杂乱不一，乌合之众，退缩不前，领兵前进者，一定是头目，我兵见之即打，伤敌一二头目，敌兵自己会败走。第三，集中兵力。我兵虽少，并力一战，必能获胜。
又过了一天，努尔哈赤率兵出战了。叶赫兵先攻赫济格城，一次攻不下，又继续攻，努尔哈赤把兵带到了古勒山，面对赫济格城，占据险要，命令诸贝勒、大臣，各领所属部下分头防备。一切布置妥善，命令额亦都带领一百名兵士前去挑战。叶赫兵果然不攻赫济格城，而来迎战。两军刚一交锋，叶赫兵就被伤了九人，锐气受挫，稍稍后退。布寨、金台石及蒙古科尔沁三头目领兵合攻一处。金台石是纳林布禄之弟。布寨正要突阵，忽然他的马被木桩撞倒，努尔哈赤手下一卒武谈，弯弓射去，布寨应弦而毙。叶赫兵见其首领布寨一命呜呼，皆号啕大哭。所有同来的头目，闻风丧胆，谁也顾不得照料自己的兵马，只知道个人逃命。努尔哈赤纵兵追击，杀得敌人尸满沟渠，直追到哈达境内。第二天，一人生擒布占泰，原不知是他，缚送到努尔哈赤那里，细问来历，布占泰才暴露自己的身份，并说，“生死只在贝勒”。努尔哈赤对他说“生人之名胜于杀，与人之名胜于取”，遂释其缚，留而养之。经过古勒山大战，努尔哈赤杀敌兵四千人，获马三千匹，盔甲千副，最主要的“满洲自此威名大震”《满洲实录》，卷2，又《三朝辽事实录》记此事时间晚二年，九部联军兵数则称七八万人。。
古勒山大战之后，努尔哈赤统一女真的大业有了更为迅速的进展。战争刚一结束，即刻招降了朱舍里部，又花了三个月的时间包围并攻下了讷殷部的佛多和山，斩其首领搜稳塞克什。万历二十三年（1595年）六月，努尔哈赤领兵征辉发部，攻多壁城，克城斩将，全胜而返，势力发展到今吉林省辉南县。但是，东向统一遇到了阻力。不是别人，正是乌拉布占泰从中作梗。布占泰被俘后收养多年，万历二十四年遣回本部，继其兄满泰为乌拉部酋长。他请叶赫来使招降了东海瓦尔喀部的安楚拉库、内河二处的路长。万历二十六年（1598年）正月，努尔哈赤命幼弟巴雅喇、长子褚英与噶盖、费英东等领兵一千往征安楚拉库路，星夜急驰，取屯寨二十余处，其余尽数招降，获人畜万余《满洲实录》，卷2。。对辉发多壁城及安楚拉库的征服，既是统一的扩大，也是为争取新的胜利扫清道路。
万历二十七年（1599年），哈达与叶赫互战，哈达势弱，其酋长孟格布禄以子为质，求援于努尔哈赤。当派去费英东、噶盖领兵二千往助时，孟格布禄又听信叶赫首领纳林布禄的引诱，阴谋杀害援兵。努尔哈赤闻讯，当年九月发兵攻哈达，以弟速尔哈赤为先锋，攻破其城，城在今辽宁省开原县城东南古子。大臣扬古利生擒孟格布禄，尽收其众。扈伦四部，哈达成为最先被努尔哈赤灭亡的一部。此后努尔哈赤势力的高涨在朝鲜都产生了巨大影响。两年以后朝鲜人曾这样说：
老酋声势已张，威行于西北，诸胡莫不慴伏，凭陵桀骜，已有难制之渐。《李朝实录》，宣祖卷142，19页。
辉发首领拜音达里在叶赫与建州之间，摇摆不定，朝秦暮楚，其基本倾向是抵制努尔哈赤实现女真的统一。万历三十五年（1607年）他有了一点机会，就修城筑墙，里外三层，抗拒努尔哈赤。这年的九月九日，努尔哈赤亲自领兵征辉发，十四日大兵一到，立刻将其城攻取，杀了拜音达里父子，尽屠其兵，招降其民，辉发从此灭亡。这是继哈达之后，扈伦四部中第二个被努尔哈赤统一的。
艰难的战斗是征乌拉。乌拉城在今吉林省吉林市北六十里，为当时最大的城，所辖范围也很广泛，又是努尔哈赤向东北发展的必经之路。对它是非攻不可，但是要花更大的力量。乌拉首领布占泰，此人虽无特殊本领，而抵制努尔哈赤对他的进攻却也算能竭尽全力。万历三十五年以后，努尔哈赤就以相当大的精力对付布占泰。那一年乌拉控制的东海瓦尔喀斐优城头目策穆特赫来降，努尔哈赤派速尔哈赤、褚英等率兵往迎，布占泰调动上万大军从中阻拦，被击败。在灭亡了辉发以后，万历三十六年，再令褚英及阿敏领兵五千征乌拉，包围并攻克宜罕山城（吉林市龙潭山城）。布占泰万分恐惧，希望和好，又请求努尔哈赤将其女儿许配给他。努尔哈赤愿以和平方式取乌拉，就答应把亲生女儿许给布占泰。这时努尔哈赤已临近完成统一女真大业。万历三十七年（1609年）朝鲜人见到他胜利在望说：
故远近部落，几尽服属，所未及吞并者，唯汝许（叶赫）、海东、海西数败贼而已。《李朝实录》，“光海君日记”，卷14，8页。
万历四十年（1612年），乌拉布占泰又背盟，两次掠东海窝集部内呼尔哈部，要娶努尔哈赤已给了聘礼的叶赫首领布寨的女儿，又以骲箭射努尔哈赤侄女，等等。努尔哈赤忍无可忍，于九月二十二日领兵往征。二十九日至乌拉部，沿乌拉河前进，乌拉兵见努尔哈赤所部锐不可当，皆无斗志。努尔哈赤指挥部下，攻破沿河五城，布占泰又一次花言巧语，请求讲和，遂罢兵班师。第二年，布占泰又背盟，努尔哈赤只好再次领兵征乌拉，同布占泰进行最后一次决战。布占泰领三万大军抵抗，努尔哈赤披坚执锐，身先士卒，见此情景，军士皆欢腾雀跃，呼声震天。布占泰三万人全部步行列阵，努尔哈赤部下也舍骑步战。两军矢如风发雪落，声如群蜂飞舞，杀气冲天。乌拉兵遭重创，十损六七，四散逃跑，乌拉从此灭亡，所属城邑全为努尔哈赤统一。除叶赫得到明朝支持，尚自成部，其余女真各主要部落都归属了努尔哈赤的统治。也可以说，一个新的民族共同体满族，就在这个时候，由于经济的发展，又经过内部长期激烈的斗争，稳固地形成了。努尔哈赤在满族形成的过程中发挥了积极的作用，做出了历史性的贡献。
从万历十七年（1589年）开始的扩大统一，能迅速取得成功，同努尔哈赤采取如下一些措施有重要的关系。
第一，继续同明朝保持和好。努尔哈赤势力越来越大，却仍坚持对明朝和好。由于他忠于明朝，有保卫边境安宁的功劳，万历二十三年（1595年），明朝又授他正二品龙虎将军之职，在建州女真的所有酋长中，他第一个得到这么高的职衔，可以同当年的王台相比了。第二年，努尔哈赤曾对朝鲜来使这样表白自己：
老乙可赤说称：“保守天朝（明朝）地界九百五十里，俺营事后十三年，不敢犯边，非不为恭顺也。”《李朝实录》，宣祖卷73，16页。
努尔哈赤为感谢明朝对他的任命和提升，从明朝取得赏赐，后来也有意了解明朝的虚实，他在万历十八年、二十年、二十一年、二十五年、二十六年、二十九年、三十六年、三十九年，先后共八次亲自赴北京朝贡参见《明神宗实录》有关各年卷页。。这使明朝不但没有干扰努尔哈赤统一女真各部，他反利用了同明朝的和好关系，使他在消灭女真中反统一势力时处于有利地位。
第二，把统一女真和建立国家政权结合起来。随着统一女真的节节胜利，努尔哈赤不单是明朝建州左卫的地方官了，他在本民族中逐渐独立的发号施令，走向了创建新的国家政权的道路。他的早年称号是“淑勒贝勒”，万历十七年（1589年）他已经称王《李朝实录》，宣祖卷23，6页。。万历二十九年，又称“女真国龙虎将军”《李朝实录》，宣祖卷142，19页。。他在自己所控制的地区，建立军事武装，任命行政和司法官吏。万历三十一年（1603年），建筑并迁到了赫图阿拉（老城）。这个城距费阿拉虽只有八里，但它建在苏子河与加哈河之间，不是在山坡，而是在台地上。周围土地开阔，交通便利，特别是城内水源充足，比费阿拉更适宜于军事、政治和经济的进一步发展。后来赫图阿拉终于成了努尔哈赤所建后金国家的都城。
第三，发展本民族和占领地区的经济文化。女真统一前，各部纷争，人民生活大受其害，统一以后，加强了内部的联系，减少了破坏，所以说：“在前则胡人之凡有出入者，必佩持弓箭，以避相侵害抢掠之患。自王子（努尔哈赤）管束之后，远近行走，只持马鞭，王子威德，无所拟议。”申忠一：《建州纪程图记校注》，辽宁大学历史系印本，26页。统一，促进了经济文化的发展。过去建州女真等需要的铁，大部分从外地购买和交换来，困难很大。万历二十七年（1599年）满族自己开矿炼铁了：“始炒铁，开金银矿”《满洲实录》，卷3。，这是有重大意义的进步。以前女真人同明朝互市，经常受欺凌，他们出卖人参，明朝故意刁难，一度损失惨重，后来他们创造了人参晒干法，一时不能成交，也不至于报废，因此贸易“得价倍常”《清太祖武皇帝实录》，卷2，2页。。为了供应统一战争的需要，努尔哈赤又在占领地区内发展了农业生产，广泛建立农庄，实行屯田等等。值得一提的是，随着满族作为一个崭新的民族共同体出现于历史舞台，努尔哈赤特地创造了本民族的文字。从前没有满文，他们的公文往来都用蒙文，翻译成蒙语。努尔哈赤首先提出创制满文，当时最有学问的巴克什额尔德尼、噶盖觉得有困难，提出：“我们懂得蒙文，学习的是蒙语，如果用我们满语写成书，实在难以做到。”努尔哈赤启发他们，指出：“汉人念汉文，学与不学的人都知道；蒙古人念蒙文，学与不学的人也都明白；惟有我们满族的话写成蒙文，不懂蒙语的人一窍不通。你们为什么认为以本民族语言造字感觉难呢，反而把学习别的民族语言看做是容易的事呢？”额尔德尼、噶盖回答说：“用我们的语言编成文字最好了，但用这些字翻译成语言，我们办不到，所以感到为难。”努尔哈赤为他们举例，说明如何创制满文。他说：写“阿”字下合一“玛”字，这不就是“阿玛”（满语父亲）吗？“额”字下合一“默”字，这不就是“额默”（满语母亲）吗？我的想法已定，你们试试看吧。《清太祖武皇帝实录》，卷2，1页。满文的创制实自努尔哈赤统一女真始，是满族共同体形成的一个明显标志。