单以排除御史台的异己一事，就足以削弱对他的支持力量，也引起朝廷领袖的纷萌退意。在中国，监察机构是朝廷一个历史悠久的制度，其作用就是代表舆论时时对当政的政权予以控制或批评。在一个好政府里，监察机构必须能随时对皇帝进冷言，向皇帝反映舆论，这种重要性是不可忽视的。由于其地位如此之重要，监察机构既有重大力量，亦有重大责任，御史如对当权者做强有力的攻击，可以把一个政权推翻。这种监察作用，在政府的人事和政策上可以引起变动，不过其方法并未明确予以规定，其作用与现代的新闻舆论大致相似。古代此种制度之异于今日者，就是此等监察机构及其反对权，并无明文规定受有法律保障，只是传统上认为明主贤君应当宽宏纳谏；至于皇帝重视他那明主贤君的名誉与否，那就是他自己的事了。倘若他不克己自律，他可以降旨把御史降级、惩处、折磨，甚至全家杀害。有些皇帝确是如此。身为御史者在个人毫无法律保障之下，却要尽职责向朝廷与皇帝进谏规劝，处境是既难又险。但是像现代，总有对公众抱有责任感的新闻杂志编辑，不惜冒监禁死亡之险而向极权政权挑战的，在过去也总有御史受皮肉之苦、鞭答之痛，甚至死亡之威胁，而尽其于人民之职责。尤其在东汉与明朝两代，当时有御史，写好弹劾奸相的本章，自料必死无疑，在本章呈递与皇帝之前，先行自缢身死。这些御史正如武士之上战场，前仆后继。好皇帝自己爱惜名誉，对于这等御史的处理颇为慎重，因此甚获美誉而得人望，但是恶人当政则急于塞御史之口，正如现代之专制暴君，总以钳制报章杂志之口为急务。
王安石当政之始，元老重臣对他颇寄厚望。现在御史中丞吕晦向王安石发出了第一弹，说他：“执邪见，不通物情。置之宰辅，天下必受其祸。”连司马光都深感意外。在吕晦同司马光去给皇帝讲解经典之时，吕晦向司马光透露那天早晨他打算要做的事，从袖子里把那件弹劾表章给司马光看。
司马光说：“吾等焉能为力？他深得人望。”
吕晦大惊道：“你也这么说！”
吕晦遭受革职，于是排除异己开始了。
现在星星之火使朝廷政争变成了熊熊之势。有一妇人，企图谋杀丈夫，但仅仅使她丈夫受伤而未克致命。此一妇人曾承认有谋杀之意，当时有个高官对处治之刑罚表示异议。此一案件拖延一年有余，未能定案。司马光要以一种方式判决，王安石要另一种方式，而且坚持己见，皇帝的圣旨对此案的处刑亦有所指示。但是御史刘恕则拒不同意，要求再审，御史如此要求，亦属常事。另一御史对王安石的意见不服，王安石则令他自己的一个亲信弹劾刘恕。这样一来，一场争斗，便化暗为明。
御史台则群情激动。问题现在是仍要在不受限制之下自由尽责呢？还是等候逐一被人清除？几位御史乃联名上书弹劾王安石，请求罢除其相位。王安石大怒，欲将此数人投诸监狱而后快。司马光与范纯仁认为在基本上不可如此对待御史，最后六个御史遭贬滴至边远外县充任酒监。一见情形如此，范纯仁起而应战。他要求贬滴御史之成命必须撤回，结果他自己也遭流放。下一个要倒下去的是苏东坡的弟弟苏子由。他一直就反对青苗法和市易法。两个月之后，忠厚长者老巨富弼向朝廷辞职归隐，临去警告说，在任何政治斗争中，正人君子必败，而小人必占上风，因为正人君子为道义而争，而小人则为权力而争，结果双方必各得其所，好人去位，坏人得权。他预言国家大事著如此下去，国家行将大乱矣。
朝廷之上，现在是一片骚乱。神宗熙宁二年（一O 六九）二月，制置三司条例司成立，七月实行市易法，九月实行青苗法。数月之后，众人对当权者的意见，由期待而怀疑，由怀疑而迷惑，由迷惑而愤怒恐惧。
现在情势变化甚速。熙宁三年（一0七0）三月与四月，御史台大规模遭受整肃，随即大规模布置上新人。随后倒下的两个御史，都是王安石个人的朋友，都曾助他获得政权，王安石也是倚为声援的。身材颀长，性情暴躁又富有口才的孙觉，他也是苏东坡毕生的友人，曾经向王安石发动论争，因为王安石坚称周朝的钱币机构，曾经以百分之二十五的利息把钱借给人民，他对此说表示反对。王安石仍然希望得到他的支援，派他到外地调查为什么当时盛传朝廷强迫贷款与农人，甚至在京辎一带也传闻如此。孙觉回到京师，老老实实报告确有强迫销售情事。王安石认为他这是出卖朋友——所以孙觉也被革职。更为重要的案子是“美髯公”吕公著的案子。吕公著是宰相之子，学识渊博，但是沉默寡言。在早年，王安石和吕公著在文学上同享盛名，同为儒林所敬佩。吕公著曾帮助王安石位登权要，王安石乃使他官拜御史中丞，作为回报。现在吕公著上神宗皇帝的奏议中，文字未免过于辛辣，使王安石大为不快，在文中他问：“昔日之所谓贤者，今皆以此举为非，岂昔贤而今皆不肖乎？”王安石亲拟罢斥吕公著的诏书，用字措辞正好流露他自己喜怒无常的特性。在二人交好之日，王安石曾向皇帝说：“吕公著之才将来必为宰相。”而今他把吕公著比做了尧舜时的“四凶”。
最使曾佩服他的人与之疏远的原因，就是在同一个月内，王安石派了两个劣迹昭彰的小人进入御史台，去填补他排挤出来的空缺。他之派李定为全权御史，在御史台引起了群情激奋。李定既没考中科举，也没有为官的其它必要资格。他教人知道的反倒是他隐瞒父丧不守丧礼一事。在中国人心目中，这简直是败德下流至于禽兽。王安石把他升到那么崇高的地位，只是因为自乡间来京后，他向皇帝奏明青苗贷款法极受人民欢迎，王安石把他向皇上引荐，好向皇上陈奏。这件事使御史们怒不可遏。同时，王安石又把亲戚谢景温升为御史。谢为求升发，把自己的妹妹嫁与王安石的弟弟。有三个御史反对朝廷的此一任命诏书，三个人一起丢官。其余的御史对此事还照旧坚持。张激请求将三个御史官复原职，并罢斥王安石的心腹李定与吕惠卿。在张激到中书省去催办此一案件时，他发现王安石心情古怪。只是听他叙述，自己则一言不发，用扇子掩着嘴，一味大笑。
张激说：“我想你一定正笑我愚蠢。但是你要知道，全国老百姓笑你的正多着呢。”
这时另一位遭到牺牲的御史是程濒，他是宋朝理学家“二程”之中的兄长大程。在新政推行之初，他曾经与王安石合作。现在他也到中书省为那同一个案子向王安石争论。王安石刚看了他的奏折，程源看到他正在怒气难消。这位理学大家以颇有修养的风度对他说：“老朋友，你看，我们讨论的不是个人私事或家事；我们讨论的是国事。难道不能平心静气说话吗？”从儒家的道德修养看，王安石觉得很丢脸，很难为情。
一个月的光景，御史台的清除异己便已告完成。连前年所罢黜的那六个御史在内，王安石清除的御史一共达到了十四人，十一名是御史台的人，三名是皇宫中的谏官。司马光向皇帝曾经痛陈利害。只有三个人，就是王安石、曾布、吕惠卿，赞成新政，朝廷百官无不反对他们三个人。“难道皇上就只用这三个人组织朝廷？就用这三个人治理国家吗？”韩琦和张方平已在二月告老还乡，司马光对枢密使一职拒而不受，当月也遭贬降，范镇已经大怒而去。在九月，举棋不定的赵怀，他这位内阁大臣，一度想讨好这群新贵，现在决定辞职。他也指出“青苗使者于体为小，而禁近耳目之臣用舍为大。”数月之后，年老信命毫无火气的曾公亮，把王安石之得势归之于天意，以年老多病为由，在极不愉快之下，请求去职，其实多少也是受批评不过而走的。在神宗熙宁三年（一0七0），王安石正式出任相职，在整个政府中其权位凛乎不可侵犯。次年九月，欧阳修辞去朝廷一切职位，退隐林泉。
苏东坡现在写他那上神宗皇帝万言书，准备罢官而去。他和司马光、范镇曾经并肩作战，但是司马光与范镇已经在愤怒厌恶之下辞去官职。范镇后来和苏东坡有了亲戚关系，他曾在前两朝任职于中书省。其人虽然外貌看来肥胖松软，个性之强，则不让钢铁。在去职之时，他在辞呈上说：“陛下有纳谏之资，大臣进拒谏之计；陛下有爱民之性，大臣用残民之术。”在早朝之时，皇帝将此奏折交与王安石看，王安石的脸立刻煞白。当时在附近的几个人说曾看见王安石拿着此奏折在手，手气得发抖。
在熙宁三年（一0七0）九月，司马光被派到外地陕西去做外任官。但是他留恋京都不忍去。他和王安石诚恳但有时很严肃认真的讨论新法，书信来往凡三次之后，才与他完全决裂。皇帝原先仍希望他在朝为官，皇帝数次告诉其他大臣说，只要司马光在身边，他不会犯什么大错。皇帝再三再四召他回朝，司马光都予谢绝。他的话早已说够，皇帝若不肯察纳忠言而中止骑此刚愎的蛮驴奔赴毁灭之途，则他的本分已尽。在他决定辞去一切官职退隐林下之时，他仍然怒不可遏。他写给皇上说：
“安石以为贤则贤，以为愚则愚；以为是则是，以为非则非。泪附安石者，谓之忠良；攻难安石者，谓之谗惠。臣之才识，固安石之所愚；臣之议论，固安石之所非。今日之所言，陛下之所谓谗后也。伏望圣恩，裁处其罪。若臣罪与范镇同，则乞依范镇例致仕。或罪重于镇，则或窜或诛，所不敢逃。”
从现在到十六年后神宗皇帝的驾崩这段期间，司马光要避门不出，倾其全力继续九年前即已开始的历史巨著的写作。后来，神宗皇帝罢黜王安石之后，打算重召司马光回朝主政，司马光唯一的回答仍然是：皇帝要立即废除新法吗？由此看来，这两个极端相异的政治思想，一直到最后，都是丝毫不变动而且不可能变动的。可是在随后一位皇帝英宗即位的第一年，王安石已死，司马光也卧床病重，那时他以宰相的地位发出的最后一道命令是：“王安石为人并不甚坏。其过端在刚愎自用。死后朝廷应以优礼葬之。”
苏东坡的上神宗皇帝万言书，甚为重要，其中包括他自己的政治哲学，也表示其个人之气质与风格，其机智学问与大无畏的精神，都显然可见。愤怒的争论与冷静清晰的推理，交互出现。有时悲伤讥刺，苛酷的批评，坦白直率，逾乎寻常；有时论辩是非，引证经史，以畅其义。为文工巧而真诚，言出足以动人，深情隐忧，因事而现。 在正月蒙皇帝召见之时， 皇帝曾称赞那篇《议学校贡举状》，并命他“尽陈得失，无有所隐。”苏东坡即认真遵办。那是他最后一次尽其所能求皇帝改变主意，这时所有高官大臣都已去职，一切情势都呈现不利。苏东坡知道，即便自己不遭大祸，至少将遭罢黜，是必然无疑之事。
对现代读者最重要的两个论点，一是孟子所说的君权民授，一是为政当容清议。他警告皇帝说，君之为君，非由神权而得，乃得自人民之拥护。为帝王者不可不知。他说：
书日：“予临兆民，凛乎若朽索之御六马”，言天下莫危于人主也。聚则为君民，散则为仇雕，聚散之间，不容毫厘。故天下归往谓之王，人各有心谓之独夫。由此观之，人主之所恃者，人心而已。人心之于人主也，如木之有根，如灯之有膏，如鱼之有水，如农夫之有田，如商贾之有财。木无根则槁，灯无膏则灭，鱼无水则死，农无田则饥，商贾无财则贫，人主失人心则亡。此理之必然，不可遣之灾也。其为可畏，从古已然。
但是，为人君者若不容许自由表示意见，焉能得到人的支持？苏东坡进而发挥这一点，我认为是这篇奏议中最重要的。就是政治上不同意一事之原则，有御史监察制度，便是具体的做法。根据苏东坡所说，一个好政权之得以保持，大部分在于不同的政见合理的发挥其功用。民主政治体制，系表现于党派间政见之歧异。苏东坡如生于现代，必然反对联合国安理会全体同意原则，在基本上为反民主。他知道，中国自盘古开天辟地以来，还没有两个人事事完全同意，而民主制度的另一途径，唯有暴政制度。我从未发现民主制度的敌人，在家庭，在国内，或是世界政治上而不是暴君的。苏东坡接着说：
孙宝有言：“周公大圣，召公大贤，犹不相悦。”著于经典。晋之王导，可谓元臣，每与客言，举座称善，而王述不悦，以为人非尧舜，安得每事尽善。导亦敛在谢之。若使言无不同，意无不合，更唱迭和，何者非贤？万一有小人居其间，则人君何缘知觉？
我想，把监察机构存在的理由与其基本原则，说得清楚明白，再无人能比得上苏东坡这篇奏议了。一个发挥自由功用不惧利害的监察机构所代表的，就是真正的公众意见。
夫弹劾积威之后，虽庸人亦可奋扬风采。消萎之余，虽豪杰有所不能振起。臣恐自兹以往，习惯成风，尽为执政私人，以致人主孤立。纪纲一废，何事不生……是以知为国者，平居必有忘躯犯颜之士，则临难庶几有询义守死之臣。若平居尚不能一言，则临难何以责其死节？
他把当时的舆论状况与古代相比，说：
臣自幼小所记，及闻长老之谈，皆谓台谏所言，常随天下公议。公议所与，台谏亦与之。公议所击启谏亦击之……今日物议沸腾，怨磋交至。公议所在，亦可知矣。
苏东坡比较中国历代政府制度的异同，而发挥监察机构其所以存在之必要。在此他怦然以倡导者出现，其态度博学，其推理有力，其识见卓绝：
古者建国，使内外相制。如周如唐，则外重而内轻。如秦如魏，则外轻而内重。内重之末，必有奸臣指鹿之患。外重之弊，必有大国问鼎之忧。圣人方盛而虑衰，常先立法以救弊……以古楼今，则似内重。恭惟祖宗所以深计而预虑，因非小臣所能臆度而周知。然观其委任台谏之一端，则是圣人过防之至计……自建隆以来，未尝罪一言者……风采所系，不问尊卑，言及乘舆，则天子改容；事关廊庙，则宰相待罪。故仁宗之世，议者讥宰相，但奉行台谏风旨而已。
圣人深意，流俗岂知？台谏因未必皆贤，所言亦未必皆是。然须养其锐气，而借之重权者，岂徒然哉！将以折奸臣之萌，而救内重之弊也。夫奸臣之始，以台谏折之而有余；及其既成，以干戈取之而不足……陛下得不上念祖宗设此官之意，下为子孙立万一之防。朝廷纲纪，孰大于此？
苏东坡告诉皇帝，千万不可用威权慑服百姓而使之服从。他又提到有谣传恢复肉刑之说。数百年以前，有各种砍截人体处罚罪犯之法，包括墨，剿，荆，宫四刑。这些残忍的刑罚在第二世纪之后，约在隋朝时期，除去宫刑，已然废止。此等酷刑之未曾恢复，当归功于苏东坡上神宗的奏议。当时谣传之甚，与日俱增。
陛下与二三大臣，亦闻其语矣。然而莫之顾者，徒日我无其事，又无其意，何恤于人言？夫人言虽未必皆然，而疑似则有以致谤。人必贪财也，而后人疑其盗；人必好色也，而后人疑其淫……
苏东坡指出，当时商业萧条，物价飞涨，由京师附近各省，远至四川，谣言漫天飞，黎民怨怒，声如鼎沸，甚至深远至山区，酒亦属于专卖；和尚尼姑亦遭逮捕，没收其财产，官兵的粮们都遭减低。
夫制置三司条例司，求利之名也。六七少年与使者四十余辈，求利之器也。驱鹰大而赴林教，语人日“我非猎也”，不如放鹰犬而兽自习驯。操罔答而入江湖，语人日“我非渔也”，不如捐罔答而人自信。
苏东坡相信皇帝会看得清楚国内的不和与纷争。他从良臣能吏之挂冠去职，舆论之背向不难判断。在数度对新政的指责之后，他力言因推行新政，皇帝已失去民心，皇帝本人及当权者已不为清议所容。
苏东坡上书之后，如石沉大海。三月，又上第三书。皇帝已临时下一诏书，严禁强销青苗贷款，但是却没打算废止此等全部措施。苏东坡引用孟子的话说，正如一个偷鸡贼想改过向善，决定每月只偷一只鸡。后来使情形恶化的，是苏东坡在神宗熙宁四年一月起任告院权开封府推官，在任期内，他出了一道乡试考题《论独断》（全题是：晋武平吴，以独断而亡；齐小白专任管仲而罢；燕啥专任子之而败。事同而功异，何也？）这激怒了王安石。
苏东坡立遭罢黜。正如他所预期，虽然皇帝对他的忠言至为嘉许，王安石的群小之辈会捏造藉口，陷他于纠纷之中。王安石的亲戚兼随员谢景温，挟法诬告。当时流传一个谣言，说苏氏兄弟运父灵乘船回四川原籍途中，曾滥用官家的卫兵，并购买家具瓷器，并可能偷运私盐从中牟利。官方乃派人到苏氏兄弟运灵所经各省路途上，从船夫、兵卒、仪官搜集资料。苏东坡也许真买了不少家具瓷器，但并不违法。官差回去报称无所搜获，如有所获，必然带回京师了。
苏东坡的内弟，那时住在四川，苏东坡有信给他，信里说：“某与二十七娘甚安，小添寄叔并无恙……某为权率所嫉久矣。然抢拾无获，徒劳掀搅，取笑四方耳。不烦远忧。”
司马光回洛阳之前在京都时，皇帝对他说：
“似乎苏轼人品欠佳，卿对他评价过高。”
司马光回答说：“陛下是指有人控告他吗？我对他知之较深。陛下知道谢景温为安石亲戚，控告也是王安石煽动而起。再者，虽然苏东坡并非完美无疵，他不比隐秘母丧不报的畜牲李定好得多吗？”
按苏东坡的政绩说，他而今应当官居太守才是，皇帝也有此意。王安石与谢景温反对，使之任附近一县的判官；但是皇帝予以改动，任命他为风景秀丽的杭州太守。苏东坡对御史的弹劾不屑于置理，连修表自辩也不肯，任凭官方调查，自己携眷径赴杭州上任去了。