苏东坡是七月二十八日由官家逮捕，八月十八日送进御史台的皇家监狱。审问期间很长，前后四十几天。在监里，那个狱卒心肠非常好，大概知道他是谁，对他十分恭敬，每天晚上给他热水洗澡，直到现在每晚上洗热水澡，还是四川人的习惯。
苏东坡在监狱中，发生了一件有趣的事，结果审问时反倒对他大有益处。他儿子每天到监狱去看他，为父亲送饭当然是儿子分内的事。苏东坡和儿子暗中约好，就是儿子只许送蔬菜和肉食，倘若听到坏消息，他才送鱼去。有几天，苏迈要离开京城到别处去借钱，他把送饭这件事交给朋友办，但是忘了告诉朋友那件暗号。那朋友送去熏鱼，苏东坡大惊。他心想事情已然恶化，大概凶多吉少了。他和狱卒商量，给弟弟写了两首诀别诗，措词极为悲惨，说他一家十口全赖弟弟照顾，自己的孤魂野鬼独卧荒山听雨泣风号。他表示愿世世为手足。在诗里他又细心表示以前皇恩浩荡，蒙受已多，无法感激图报，实在惭愧。又说这次别无可怨，只是自己之过。子由接到，感动万分，竟伏案而泣，狱卒随后把此诗携走。到后来苏东坡开释时，狱卒才将此诗退回，说他弟弟不肯收。我相信子由根本知道这条计，故意把诗交还狱卒。因为有这两首诗在狱卒手中，会有很大用处。因为狱卒按规矩必须把犯人写的片纸只字呈交监狱最高当局查阅。这个故事里说，苏东坡坚信这些诗会传到皇帝手中。结果正如他所预料，皇帝看了，十分感动。这就是何以苏东坡的案子虽有御史强大的压力，最后却判得很轻的缘故。
幸亏诗人陆游曾编有一本历史，其中包括所有审问苏东坡的亲笔文件。现在我们还有一本书叫“乌台诗案”，“乌台”是御史台监狱的名称。此书包括四件弹劾本章、审问记录全部，苏东坡的口供、证物，和最后的判词。陆游勤于写日记，对苏东坡留在身后的手稿和拓片特别爱好，这些遗物是苏东坡死后六七十年他才见到的。他曾说出这本书的经过。北宋在靖康元年（—一二六）灭亡时，朝廷官员都向杭州逃难，尽量携带珍贵的文件。在扬州，一个名叫张全真的政府官员看到这一份手稿，从朝廷档案里抽出来。后来，张全真死后，一位姓张的宰相，受张全真的后人请求为先人作一篇墓志铭。这位宰相要以那份手稿为代价。那家后人只答应交出一半，另一半作为传家之宝。陆游记载说，他看见全部手稿都是苏东坡手写的，还有改正之处，都由苏东坡签名，再盖上御史台的官印。我们不敢确言今日流传下来的这本书是完全根据陆游所见的那本手稿，不过内容却记载了朝廷公报的细节，包括苏东坡对自己那些诗句的解释。
我认为对此案件的判断，完全要看我们对苏东坡的批评朝政如何解释。张方平和范镇正设法营救苏东坡，总括起来，他认为坦诚的批评与恶意的中伤显然有别。我们今天不能不认为那些诗是坦诚的批评，而御史们则认为是对朝廷和皇帝恶意的中伤。张方平指出，诗经是由孔子删订的，但是其中有很多对当时当政者的讽刺，而且邦有道，则坦诚的批评完全合法。在另一方面，倘若我们能以君子之心度小人之腹，相信那些御史是由义愤而发，是深恨亲爱的君王受辱而弹劾，这也是一种看法。
舒禀在表章中说：“臣伏见知湖州苏轼近谢上表，有讥切时事之言。流俗龛然，争相传诵，忠义之士无不愤惋。陛下自新美法度以来，异论之人固不为少……然包藏祸心，怨望其上，讪凌谩骂而无人臣之节者，未有如轼也。应口所言，无一不以讥诗为主。……陛下躬履道德，立政造士，以幸天下后世，可谓尧舜之用心矣。轼在此时以苟得之虚名、无用之曲学，官为省郎，职在文馆。臣独不知陛下何负于天下与轼辈，而轼敢为悻慢无所畏忌以至如是。且人道所立者、以有义而无逃于天地之间者，莫如君臣。轼之所为忍出于此，其能知有君臣之义乎？为人臣者苟能充无义之心往之以为利，则其恶无所不至矣……轼万死不足以谢圣时，岂特在不赧不有而已。伏望陛下付拭有司论如大不恭，以戒天下之为人臣子者。不胜忠愤恳切之至。”
另一御史的弹劾表里，完全是强词夺理的指责。在苏东坡到湖州上任途中，曾为张氏园写了一篇记。在此一篇文章里，苏东坡说：“古之君子不必仕，不必不仕。必仕则忘其身，必不仕则忘其君。”这是孟子对孔夫子参政态度的概要结语。那位御史在他忠君报国的热情之下，极力想劝服皇帝相信苏轼正倡邪说异端，实在大逆不道，他说：“天下之人，仕与不仕，不敢忘其君。而独苏轼有不仕则忘其君之意，是废为臣之道尔。”
李定举了四项理由说明为什么应当处苏东坡死刑。在奏章前面序言中，他说：“苏轼初无学术，滥得时名，偶中异科，途叨儒馆。”他又接着说苏东坡急于获得高位，在心中不满之下，乃讥讪权要。其当杀理由之一是，皇帝对他宽容已久，冀其改过自新，但是苏东坡拒不从命。另一个当杀的理由是，虽然苏东坡所写诗之荒谬浅薄，但对全国影响甚大。“臣叨预执法，职在纠奸，罪有不容，岂敢苟止？伏望陛下断自天衷，特行典宪，非特沮乖后之气，抑亦奋忠良之心，好恶既明，风俗自革。”
审问在八月二十日开始，被告自称年四十四岁（按西方计算法为四十二岁），然后叙述世系、籍贯、科举考中的年月，再叙历任的官职。又把由他推荐为官的列出姓名，因为大臣为国家举荐人才充任公职之贤与不贤，与其本人之贤德大有关系，自然甚属重要。据说，他自为官始，曾有两次记过记录。一次是他任职凤翔为通判时，因与上官不和而未出席秋季官方仪典，被罚红钢八斤。另一次是在杭州任内，因小吏挪用公款，他未报呈，也被罚红铜八斤。“此外，别无不良记录。”
最初，苏东坡承认他游杭州附近村庄时所作的那首诗，对农民食无盐、青苗贷款之弊端，曾出怨言，以及弹劾表章中之其它若干情节。他想不起曾写过其它与时政有关的诗文。有好几天内，他否认给朋友写过讽刺诗，一直声称无罪。至于何者应视为毁谤朝廷，何者不应视为毁谤朝廷，颇难断言。还有，何者构成“毁谤”，亦复如此。但是在八月十三日，他决定服罪。他承认曾写讽刺诗讥刺当政，且与朋友以此等诗互相投寄。不过他“并未隐瞒”，至于内容如何，解释容有不同而已。在审讯期间，他奉命在下列一道供词上签字：“入馆多年，未甚插进，兼朝廷用人多是少年，所见与轼不同，以此撰作诗赋文字讥讽。意图众人传看，以轼所言为当。”苏东坡的朋友当中，有三十九人受到牵连，有一百多首诗在审问时呈阅，每一首都由作者自行解释。因为苏轼措词精炼，用典甚多，幸而有此审问记录，我们得见作者自己对好多文句的阐述分析。只有读者完全了解那些典故，才能把握文内的含义。我读诗一向对那类诗避而不观，因为那些隐喻、史实，都需要单独解释，读来甚感吃力，作者自己卖弄学问，为读者加重负担，殊为无谓。其实这样炫耀也并不困难，因为数百年来，苏诗的评注家一直忙着在历史和唐诗里发掘苏诗用典的出处。
对苏东坡的指控，有的十分牵强。最有趣的指控中，有一条是写两株老柏的七律。诗里说柏树“根到九泉无曲处，世间惟有蛰龙知。”这两句诗认为是对皇帝大不敬，因为龙是皇帝的象征，而今皇帝正在位，作者应当说有龙在天，不应当说在九泉地下。另外还有一首牡丹诗，在诗内作者叹造物之巧，能创造出牡丹种类如此之繁多。御史解释此诗为讽刺新当政者能制定如此多之种种捐税。《菊赋》的序言里曾提到吃妃菊的苦种籽，御史认为作者是在直接讽刺全境百姓的贫穷，尤其是指朝廷对官吏薪俸的微薄。“生而盲者不识日”是讽刺科举考生的浅陋无知，讽刺考生不通儒学，只知道王安石在《三经新义》里对经书的注释。
苏东坡在对方大部分指控上，都坦白承认在诗中批评新政，自然有愤怒之感、失望之声，足以表明自己对当道的苛酷批评，罪有应得。
在给朋友驸马王诜的若干首诗里， 有一行诗是坐听“鞭答不呻呼。 ”又说，“救荒无术归亡通”。他也提到“虎难摩”，是为政贪婪的象征。在给朋友李常的诗里，他确是说在密州“洒涕循城拾弃孩。”那些男尸、女尸、婴尸都饿死于路也，当时确是“为郡鲜欢”。关于他给朋友孙觉的诗里，有一行说二人相约不谈政治，是真在一次宴席上约定，谁谈政治，罚酒一杯。在给曾巩的一首诗里（曾巩官位不高，但是一代古文大家人他说厌恶那些“股耳如惆蝉”的小政客。在他给张方平的诗里，他把朝廷比为“荒林惆蛰乱”和“废沼蛙蝈淫”，又说自己“遂欲掩两耳”。在给范镇的诗里，他直言“小人”，我们也知道在给周郎的诗里，他把当权者暗比做“夜果”。在写杭州观潮时，他说东海若知君王意，“应教斥卤变桑田”。
在他一个好友刘恕罢官出京时，他写了两首诗给他，把那诗仔细看一下，也颇有趣。并且可以了解官吏的愤怒，也可略知苏诗字里行间的含义。若按字面译成英文而不加注释，便毫无意义可言。其中一首说：
敢向清时怨不容，直嗟吾道与君东，
坐谈足使淮南惧，归向方知冀北空，
独鹤不须惊夜旦，群鸟未可辨雌雄。