魏忠贤与外朝官僚的斗争，比起明代任何一次类似的斗争，更具有党争性质。天启初年，标榜清流的士大夫都以东林党人自居，或被认为是东林党人。经历一二十年政治舞台上的风云，他们不但仍然具有左右舆论的力量，而且占据了一些重要的位置。
　　
　　天启元年（1620年），叶向高成为内阁首辅，孙慎行任礼部尚书，邹元标任都御史；天启二年，孙承宗入阁，兼掌兵部事，赵南星任都御史，第二年改吏部尚书。此外，高攀龙任左副都御史，杨涟也升至左副都御史，左光斗升至佥都御史。
　　
　　开始，魏忠贤与这派官僚的关系还不太紧张。他敬重赵南星，在熹宗面前对他大加称赞。二人并坐弘政门议事，赵南星郑重告诫魏忠贤：“主上冲年，内外臣子，会各努力为善。”这话虽使魏忠贤心中不快，也还没有到翻脸的程度。
　　
　　天启三年（1623年）是个重要的年份。魏忠贤受命提督东厂，顾秉谦、魏广微等选入内阁。顾、魏不断受到言路的弹劾，不为清流所容。赵南星与魏广微之父魏允贞是朋友，但他三拒魏广微于门外，公开说魏允贞无子。魏忠贤需要外朝官僚的配合，不为清流所容的官僚也需要投靠魏忠贤，他们很自然形成一个政治派别。
　　
　　天启四年（1624年）四月，给事中傅櫆等上疏，称左光斗、魏大中等与内阁中书汪文言交通。六月，杨涟疏劾魏忠贤，列数他迫害朝臣、迫害太监、迫害妃嫔、蓄养内兵、罗织狱案等罪状，共二十四条，其他大臣也纷纷弹劾，不下百余疏。魏忠贤与外朝大臣的斗争，或者说，阉党与东林党的斗争，进入公开的阶段。从当时的形势看，反对魏忠贤和阉党的力量还很强大，无论哪一方都没有必胜的把握。魏忠贤找到阁臣韩炉，希望他从中调解。这是一种妥协的姿态。韩炉不肯合作，其他大臣也不肯息战。
　　
　　魏忠贤只能依靠他和客氏摆布熹宗的能力。熹宗年少好游戏，魏忠贤等引导他于陆地走马行猎，于池中窍水泻珠为乐，又利用他喜爱木工的特点，每在他手操斧锯时赛事。在熹宗的眼里，国事远不如他引绳削墨、营筑小室重要，他不等听完，便说：“好为之。”朝政的议决权逐渐为魏忠贤把持。
　　
　　魏忠贤的同党把反对派官僚开列名单，括入百余人，称为邪党，而将阉党六十余人列为正人，以此作为黜陟的根据。给事中阮大铖别出心裁，作《点将录》，以《水浒传》中的聚义领袖的名号排东林党人，如天罡星三十六人：托塔天王李三才、及时雨叶向高、浪子钱谦益、圣手书生文震孟、白面郎君郑郧、霹雳火惠世扬、鼓上蚤汪文言、大刀杨涟、智多星缨昌期等；地煞星七十二人，有神机军师顾大章、青面兽左光斗、金眼彪魏大中、旱地忽律游士任等。天启四年七月，叶向高被迫去官。此前，中官为了搜寻一个被缉拿的御史，闯入叶向高宅邸，鼓噪谩骂，这也是历代首辅从未受过的大辱。十月，赵南星、高攀龙致仕，杨涟、左光斗削籍。
　　
　　在魏忠贤打击东林人士的活动中，汪文言是个重要人物。他不由科举出身，初为县变，豪侠机智。入京后，与太监王安倾心结纳，在王安与内阁间进行联络。为叶向高所器重，用作内阁中书，与杨涟、左光斗、魏大中及赵南星等均有来往。魏忠贤痛恨杨涟、左光斗，必欲置之死地。他选择汪文言这条线索，把他下诏狱，严刑拷讯两个多月，定要他供出杨涟等受贿情状。汪文言很有骨气，说：“以此蔑清廉之士，有死不承。”最后受刑气绝。负责审狱的锦衣卫官许显纯自造狱词，把杨涟等下狱。同时下狱的还有经略辽东军务的兵部尚书熊廷弼。熊廷弼得罪过朝中权贵；又倡议放弃辽东，撤回关内，负有失地之责；且有人传言，杨涟弹劾魏忠贤的奏疏由他起草，于是他在劫难逃。魏忠贤认为，仅以移宫一案定杨涟等罪，尚难以昭彰，且牵涉的人员太少，而若以交通边帅，收取贿赂定罪，则死有余辜。
　　
　　天启五年（1625年）八月，熊廷弼弃市，传首九边。八九月间，杨涟、魏大中、左光斗、顾大章等人相继死于狱中。受杨涟等狱牵连，被逮被杀的官僚尚有多人。魏大中被逮，押解过吴县时，吴县人、吏部主事周顺昌正在家中。他挽留魏大中，周旋数日，并结为亲家。这是对魏忠贤的公然蔑视。魏忠贤派缇骑前去逮人，在苏州引起骚乱。聚集的群众为周顺昌乞命，击毙堤骑一人，击伤多人。周顺昌下狱被害。在处理苏州民变时，市民颜佩韦、马杰、沈扬、杨念如和周顺昌的舆隶周文元五人论死。他们被合葬在虎丘附近，墓碑题曰“五人之墓”。
　　
　　高攀龙得到消息，自知不免，写下遗表，于三月十七日凌晨从容赴水，终年64岁。崇帧初年得以昭雪，赠太子太保、兵部尚书，谥忠宪。遗著经后人整理为《高子遗书》和《高忠宪公集》。
　　
　　兵部左侍郎袁可立顾大局，本想保持中立多做实事，他的同年故交高攀龙致书袁可立道：“弟腐儒一，无以报国，近风波生於讲会，邹冯二老行，弟亦从此去矣”（《高子文集·答袁节寰中丞》）。其言犹未尽之厚望可见于笔端，从此袁可立这位力图远离党争的正直大臣走上了对抗阉党的前台，每议事与阉党“数有所抵牾，欲自请外”（黄道周《节寰袁公传》）。天启六年（1626年）十一月，袁可立抗疏道：“此非挂冠神武门时呼？”（《睢州志·袁可立传》）。阉党益怒，派出大批爪牙对袁可立“卒日环伺公门，思坐以不法”，但终因袁可立清正“而无可乘借。”（孔贞运《兵部尚书节寰袁公墓志铭》）。后来九卿公推袁可立南京户部尚书，再改兵部尚书参赞机务，遂被魏忠贤从中作梗排挤出朝。忠贤以自己的心腹刘廷元代袁可立掌南兵部，时北则崔呈秀为本兵，天下兵马大权二人一手握定。自袁可立“归而魏焰益肆”，忠贤推戴之势成矣。黄道周说：“当魏崔时，盖无复然明义、真者，有之，则必自大司马节寰袁公也。”（黄道周《节寰袁公传》）
　　
　　魏忠贤与东林党的斗争已超出朝廷的范围，在社会上引起强烈的反响。魏忠贤在用刑狱对付反对派官僚的同时，还命其党羽编纂《三朝要典》，重新记述和评价“三案”，为打击异己制造舆论。魏忠贤的地位不断提升，相当一部分官僚出于各种原因，向他靠拢，协助他控制局面，打击反对派，他们被称为魏党或阉党。
　　
　　天启五年（1625年）以后入阁的大臣，大多为魏忠贤的党徒。这里包括顾秉谦、魏广微、黄立极、施凤来、张瑞图以及魏忠贤被罢以后入阁的来宗道、杨景辰等人。表现最突出的当数顾秉谦和魏广微。顾秉谦为首辅，掌拟旨批答，朝廷有一举动，则归美魏忠贤。魏广微呈寄魏忠贤书札，称“内阁家报”，当时人叫他“外魏公”。魏忠贤的党徒有五虎五彪十狗十孩儿四十孙等。“五虎”为文职，包括工部尚书兼左都御史崔呈秀、一年内由太仆少卿六迁至工部尚书的吴淳夫、一年内由太常少卿升至兵部尚书的田吉、太常卿倪文焕、左副都御史李夔龙。“五彪”为武职，包括左都督田尔耕、锦衣卫都指挥佥事许显纯、锦衣卫指挥崔应元、东厂理刑官孙云鹤和田尔耕的心腹杨衰。崇祯初年清查“阉党逆案”的结果，一共清查出首逆同谋六人，交结近侍十九人，交结近侍次等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，交结近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，如果加上“漏网”五十七人，那么共计三百一十五人。可见“阉党”声势之大。
　　
　　居“十狗”之首的是周应秋。此人善烹饪，魏忠贤的侄子、肃宁伯魏良卿最喜欢吃他烧的猪蹄。他升至左都御史有赖于此，被人称作“煨蹄总宪”。十孩儿四十孙更是人品繁杂。如李蕃、李鲁生由知县分别擢御史、给事中。他们先投靠魏广微，魏广微失宠，改投阁臣冯铨，冯铨失宠，又投靠崔呈秀，因而被讥称为“四姓奴”。魏忠贤的党羽还为魏忠贤建立生祠。最先建生祠的是浙江巡抚潘汝祯。他假借机户恳请，建祠于西湖，建成后上疏，请熹宗赐匾额。熹宗名之曰“普德”。作为对此举的鼓励，潘汝祯升为南京刑部尚书。而浙江巡按的奏疏晚到一天，竟被罢官。此例一开，兴建生祠立刻成为风气。全国各地都争先恐后地为魏忠贤建生祠。
　　
　　辽东巡抚袁崇焕也是较早为魏忠贤请建生祠的官员，只是崇祯即位之初，错误地将边事委之于崇焕，没有进行深究而已。确凿的证据表明袁崇焕在人品上是大节有亏的，与满清政府在“文字狱”时期所杜撰出来的“反间计”并不相符。大学士韩爌等本云：“史永安、张凤翼、袁崇焕……。以上六人，亦俱建祠，但与诸奸宜减等论。”一名叫陆万龄的监生还别出心裁，建议在国子监建造生祠，把魏忠贤与孔子并论：“孔子作《春秋》，忠贤作《三朝要典》，孔子诛少正卯，忠贤诛东林，宜建祠国学西，与先圣并尊。”甚至尊贵如楚王也为魏忠贤建起生祠。主持制造生祠的官员不一定都是魏忠贤的党徒。只能说，建生祠形成了一种潮流，即使为了自我保护，也不得不随潮流而动。生祠“极壮丽庄严，不但朱户雕梁，甚有用琉璃黄瓦，几同宫殿。不但朝衣朝冠，甚至垂旒金像，几埒帝王”。每建一词，多者用数十万，少者也要数万。所用钱财，不是盘剥民众，就是取自官府。建生祠需要土地，或占民田民墓，或拆民房民舍，无人敢阻拦。开封建词，拆毁民舍达两千余间。生祠飨祀，按王公规格。祠内供像，以沉香木雕刻，外部镀金，工艺精细，眼耳口鼻及手足都可转动，有如生人。外则衣服奇丽，内则以金玉珠宝为肺为肠，发髻上有一空穴，不断更换四时香花。明人对权势者的奉承阿谀，至此而极。魏忠贤亲自提督东厂，锦衣卫官多是他的亲信和党徒。厂卫是魏忠贤专权的主要工具。厂卫的主要任务之一是监视官僚系统。魏忠贤时代，豢养厂役数百人，在东厂抽签，分派各衙门。
　　
　　监视审狱的厂役叫听记，监视其他官府和各城门的厂役叫坐记。厂役将所探得事项汇报东厂叫打事件。有这一类情报，不论昼夜，都可直接从东华门投入。许显纯掌镇抚司，每审狱，魏忠贤必派人坐其后，“其人偶不来，即袖手不敢问”。至于社会上层人物的隐私，以至“家人米盐猥事”，很难躲过厂卫的耳目，多在宫中传笑。如宁安大长公主（兴献王女）之子李承恩，藏有公主所赐器物，也被发现。中书吴怀贤读杨涟疏，还不敢与他人交谈，只是击节称叹，被家人告密，死于非命，家亦被抄。工部郎中叶宪祖见内城建内祠，颇有感触，窃叹：“此天子幸辟雍道也，土偶能起立乎！”把魏忠贤神像称作土偶，大不敬。魏忠贤闻知，把他罢官削籍。厂卫的触角也深入到民间。下面一件事很有代表性：“有四人夜饮密室，一人酒酣，谩骂魏忠贤，其三人噤不敢出声。骂未讫，番人摄四人至忠贤所，即磔骂者，而劳三人金，三人者魄丧不敢动。”三人始则“噤不敢出声”，继则“魄丧不敢动”，显然不是预先布置的圈套。厂卫对民间的监视，尤其是针对富民的监视，也无孔不人。吴养春靠黄山收息，是徽州有名的富户。他的家仆告他私占黄山，历年所得租税计六十余万金。吴养春被逮至京，照数追赔，他本人被拷打而死，妻女自缢，家产尽收。郡中许多富户也因受牵连而破产。一般来说，专权宦官同外朝官僚、同民间富户的关系都是很紧张的。
　　
　　另外，魏忠贤专权期间，还在社会上造成了相互监视的风气。如“有徐生者，偶过渡，逢一京师人同舟。生问曰：‘魏监茶毒朝绅，公复何似？’其人怒曰：‘魏尚公举朝奉为天生圣人，汝一小书生，敢妄低毁，何胆大如斗也！’”再如“南昌书肆中，有一生阅《三朝要典》，偶发不平之慨。忽一人攘臂直前，欲挟以见杨抚院。众为解劝，俾生与多金，始获免”。前一京师人和后一人肯定不是厂卫探事人员。对魏忠贤的不满和抨击还要受到此辈凌辱和威胁，或许是更大的悲剧。作为封建专制工具的厂卫系统，在魏忠贤擅权时期，造成很多冤狱。扬州知府刘锋，试图收买有关方面，救援被押狱中的国戚李承恩，为东厂太监张体乾缉获。张体乾进一步诬陷刘铎勾结道人方景阳，诅咒魏忠贤。