顺治十六年三月，朝廷命三桂留镇云南，总管云南军政一切事务。康熙元年十二月，在三桂已全权掌管云南后，圣祖和四辅臣又把贵州交由三桂全权管理。圣祖（实则是四辅臣）指示吏部、兵部说：“贵州接址云南，皆系疆要地，且苗蛮杂居，与云南无二，其一切文武官员、兵民各项事务，俱照云南例，著平西王管理。”《清圣祖实录》，卷7，25页。
由于朝廷的特许，吴三桂取得了对云贵两省的完全支配权。这样，便形成了三桂王云贵、尚可喜王广东、耿继茂王福建的“三藩”并立的局面。“三王”中，无疑三桂占地最多，兵力最强，势力也最为雄厚。
终清之世，异姓受封为王的，只有五人，最先受封的是，“恭顺王”孔有德、“怀顺王”耿仲明、“智顺王”尚可喜，合称“三顺王”。他们是在清入关前天聪七年、八年间先后降清，而受封为异姓王。顺治六年，“三顺王”改封号，尚可喜为平南王，平定两广，藩守广东。耿仲明为靖南王，在南下途中死于江南，其子耿继茂袭爵，后病死，其孙（继茂之子）耿精忠嗣继。孔有德为定南王，进军广西，于顺治九年兵败桂林，自焚死。因无子承袭，爵除。吴三桂归降稍晚，迟至顺治元年，清军入关，在山海关前率部投降，即封为平西王，再进封为亲王。原封爵四王，孔有德死后，剩吴、耿、尚三王，各据藩地，并称“三藩”。最后是孙可望，他于顺治十四年降清后，封为“义王”，驻京师，无辖地，亦无政治作用。
清朝入关前后，为何不吝封异姓异族为王？这里既有主观因素，也有客观形势的要求。这要追溯到皇太极时期，是他开其端，首先破例，一次就封了孔、耿、尚三个异姓的汉人为王。皇太极与其父努尔哈赤不同之处，他的目标不只是在关外东北地区立国，而是要进居关内，同明朝争天下。为实现这个目标，他打破民族的狭隘观念，大量起用汉官汉将，不惜封王封爵，借以笼络和招徕大批汉官汉将，有利于瓦解明朝而壮大清朝的自身力量。对他们中功高、有较特殊贡献的，非以仿古制封王而不足奖赏。孔、耿、尚归清（后金），既不是兵败被俘而降，也不是被清（后金）兵围困而乞降，更不是孑然一身前来投靠的亡命者。他们都是先叛明并同它进行了规模不等的战斗，然后携带万余名将吏兵丁、家口和大批军资，主动投向清朝（后金）的。这一点，皇太极看得很清楚。例如，在尚可喜率众航海来归时，他对满汉蒙古贝勒诸大臣说：“广鹿岛副将（尚可喜），招抚长山、石城二岛，携民来归，非以我国衣食有余而来也，承天眷佑，彼自求附。”他认为后金兵“不费一弓，不折一矢，而王（尚可喜）率甲众卷，倾心归命，首建大勋，为国家肃清海岛，此识时之俊杰，宜有以优礼之”王先谦：《华东录》天聪九，3~4页。。他在敕书中高度赞扬尚可喜“全携兵民，尽载盔甲器械，乘危涉险，航海来归，伟绩丰功，超群出类，诚可嘉尚”《清太宗实录》，卷8，16~17页；参见《尚氏宗谱》，“先王实迹”。。他对先尚可喜归诚的孔有德，耿仲明给予了几乎相同的赞扬。至世祖继位时，又有吴三桂投诚。他有雄兵猛将三万余人，接引清兵入关，联合击败李自成精锐，为清兵入主中原举行了一次悲壮的奠基礼！三桂为清朝建此大功，更非孔、耿、尚三人所能比拟。故“平西王册”文内载其“洞识天时”，于摄政王多尔衮率军西征之际，“遣官归命军前”，“开关迎入”，与清军“破贼兵数十万，底定中原，大功茂著，宜膺延世之赏，永坚带砺之盟”。其后，又以平定云贵、擒获永历的特大功劳，晋封亲王，地位又远远高出耿、尚（孔有德已死）之上。有功给赏，功高重赏，是清建国以来笼络汉官汉将的一贯政策。事实证明，这一政策鼓励了他们矢志为清朝效力。这就是说，当初封异姓汉人为王，实是当时实行的一项特殊政策，也是清朝的政治需要而必须采取的特殊做法。
但是，“三王”所领之地，不是封地。圣祖在给吴三桂晋封亲王的册印中说得很清楚：“朕登大宝，特仿古制，视诸臣功德差等，授以册印，俾荣及前人，福流后嗣。”《明清史料》丁编第8本，701页。这段话概括地表达了自皇太极以来，封王与历代的那种分封有着根本的不同。清朝的做法，仅在封王的名称上“特仿古制”，而在实质内容上却有别于历代的分封制。周代以后的分封诸王，多各有自己的领地，在这块领地上享有全权，实则是国中之国。清代所谓封王，是爵位之名，地位崇高，待遇优厚，不具有封藩的意义。即使皇室中封王的，也不给封地，都住京师，不具有政治权利，只有他们出任朝廷某种职务时，才握有该职务所规定的一种权力。当初皇太极所封孔、耿、尚三王分驻辽阳与海州（今辽宁海城），此为驻防地，并不是封地。顺治时，仍然沿袭这一体制，并无根本性的变化。当时，正处于千军万马纵横奔驰的征战状态，一无藩地，二无特殊权力的规定，不过待遇比关外更优厚些。当战事稍缓，大规模战争逐渐结束时，便把他们陆续调到关外各自的家乡驻防。尚可喜于顺治二年自江西班师，“还镇海州”《贰臣传·尚可喜传》。，孔有德与耿仲明“还镇辽阳”《贰臣传·耿仲明传》。。与此同时，吴三桂在追击李自成致其死后，也班师回京，“出镇锦州，所部屯宁（远）、锦（州）、中右、中后、中前、前屯”等清军入关后不设防的已弃城镇。《清史稿·吴三桂传》，卷474，12837页。
然而，形势的发展，再次把他们推上历史的舞台。在李自成牺牲后，其主力也被消灭，而余部仍活跃在西南地区，与张献忠部联合起来进攻清军；亡明的部分将领也在南方各地集合散兵溃卒，不时地攻城夺地，先后出现了弘光、隆武、永历等南明政权，构成了一股强大的抗清武装力量。这些武装抗击活动相当顽强，清军反复征剿，还是此伏彼起，闹得“疆圉弗宁”。清朝统治集团已经意识到，在完全陌生、政情与民情及气候条件复杂的南方，单靠满洲或蒙古八旗兵无法取胜。因此，世祖与多尔衮只得再次起用诸异姓王的部队，来对付难以力敌的农民军余部和南明的残余势力。顺治三年，回到关外才一年多的孔有德、耿仲明、尚可喜等奉命南征。同年，三桂奉命西征，“移镇汉中”。从此，他们一去不复返，为清朝守御鞭长莫及的南疆。这一切，从根本上说，完全是出于统一全国、巩固清政权的长远需要。
上述情况表明，清朝给予他们的只是驻防地，而不是封藩的领地。这就是，赐爵号而不“赐土”。
既然王爵不具有政治的与行政的权力，朝廷便临时授予他们某种特殊的权力。这样，王爵加上授予的特权，才使他们名高权重，得以发挥政治指导作用，换言之，可直接参加或干预国家的政治生活。世祖在世时，命三桂留镇云南，授予的权力包括：兵权，军队出征的指挥权；财权、钱粮、兵饷的支配权；民政权，民事庶务、地方兴除的管理权；人事权，当地官员考核、甄别荐举、弹劾、罢斥的任免权及赏罚权等等，地方一切事务，均授予裁决权，连本省的督抚大员也置于他的监督之下。朝廷在授予异姓王对当地的一切权力时，还特别规定：中央“内外各衙门不得掣肘”。三桂只对皇帝负责，“遵奉”皇帝的旨意行事。中央各有关部门对三桂所作所为只能是履行必要的手续，而不能干涉，更不许随便阻止。圣祖即位之初，又把贵州全盘交给了三桂，规定了享有同云南一样的权利。对尚可喜、耿继茂二王也作了同三桂相似的规定。恰恰是这些特权规定，使三王具有封藩、裂土分封的意义。
无论是世祖、圣祖，在授予上述特权时，都强调此系临时办法。主要考虑到云贵、两广、福建新近开辟，情况复杂，局势还不够稳定，不得已而行此暂时办法，希图借助他们的威望和兵力来尽快恢复和确保正常的社会秩序。实际上，“三王”的统治在某种程度上是一种军事管制。
朝廷却不曾料到，它给予的这些特权竟被三桂等“三王”所利用，为他们保持和发展个人的势力创造了条件。
三桂充分地利用了朝廷所给予的权力，极力扩充和发展自己的势力。他留镇云南伊始，就从军队入手，部署自己的力量。
吴三桂刚留镇云南不久，首先提出请设“云南援剿四镇”，在军事组织上安设重要将领为一个方面的统帅。顺治十七年十月，他的请求被批准，以朝廷的名义正式下达了任命。《清世祖实录》，卷141，11页。“援剿四镇”及其将帅是：
云南援剿前镇总兵官，以四川右路总兵官、右都督马宁充任；
云南援剿左镇总兵官，以四川左路总兵官、署都督佥事沈应时充任；
云南援剿右镇总兵官，以湖广益阳总兵官、署都督同知王辅臣充任；
云南援剿后镇总兵官、以都督同知杨武充任。
四镇并不驻扎在昆明，而是分驻云南四个重要地区：左镇驻武定府（武定）、右镇驻曲靖府（曲靖）、前镇驻楚雄府（楚雄）、后镇驻洱海卫，即云南县（祥云）。各镇的军事建制，在总兵官之下，设中、左、右游击3员、守备3员、千总6员、把总12员，计有骑兵600名、步兵1500名、守兵900名，此即为一镇之兵，共3000名，四镇为12000名。《云南通志》，卷13，“兵防”。这四镇，颇类后世的四大军区，其总兵为该地区的最高军事长官，均隶属三桂。至叛清时，这四镇兵是他的主力部队之一。
由于云南刚刚平定，极需要加强军事防守，这符合清朝的根本利益，故三桂一请设四镇即准。同一天，世祖又批准了一批武职人员充任云南各地区的军事长官。他们是：
原任经略洪承畴右标提督总兵官、左都督张勇，为镇守云南临安（建水）、元江（今仍名）、广西州（沪西）等处总兵官；
原任湖广左路总兵官、右都督张国柱，为镇守云南永昌（保山）、顺宁（凤庆）等处总兵官；
原任湖广中路总兵官、署都督佥事阎镇，为镇守云南大理、鹤庆（今仍名）、丽江（丽江纳西族自治县）、永北（永胜）等处总兵官；
云南团练火器总兵官王永祚，为镇守云南蒙化、景东、楚雄、姚安（今仍名）等处总兵官；
抒城侯狄三品为镇守云南广南，罗平（今仍名）等处总兵官；
祁阳总兵官、都督佥事刘文进，为云南曲靖、寻甸、武定、沾益等处总兵官。《清世祖实录》，卷141，11页。
以上，援剿四镇的将官和云南各地将官，多是由三桂提议、提名，朝廷例行手续批准的。
三桂所选用的四镇和云南各地区军事长官，多是原明朝和农民军的将领。四镇将领中，马宁原是明朝参将，于顺治二年降清，隶属汉军正白旗，官至四川右路总兵官，随三桂征讨永历。王辅臣曾参加明末农民起义，于顺治六年降清，隶属汉军正白旗，十年，任湖广总兵官，随征永历。沈应时降清后，以四川左路总兵官充任后镇总兵，这三人，在降清前都是武官，不属于李定国的部下，只有杨武是李定国的部将，率其所属残兵三千余人投降了清朝。此后，四镇总兵官又有所变动。前镇总兵于康熙十二年七月换成平西藩下护军参领陶继智充任，左镇总兵于八年七月改由王屏藩充任。右镇总兵于九年十一月改任云南副将王景，至十一年五月又撤换，以平西藩下参领张足法充任。后镇总兵在顺治十八年七月改任李定国部将祁三升，至康熙十二年正月再改任平西藩下长史、三桂的女婿卫朴。很清楚，三桂起初新任命的四镇总兵官，有的是李定国的部下，有的已经是绿旗兵的武官，有的是平西藩下的佐领。后来，三桂屡经撤换，选任了自己的心腹将领。显而易见，他的目的是巩固自己的势力，这是没有疑问的。［日］神田信夫：《平西王吴三桂の研究》，明治大学《东洋史》第2册，昭和二十七年。三桂所任命的云南各地区军事长官，同样是来自或农民军，或原明（包括南明）将领。他们大多是在三桂南下云贵征讨永历时，陆续被收降的。三桂对他们来者不拒，编入他的正规部队，并充分利用他们的力量来击败永历和李定国的抵抗。在战事基本结束时，他请命朝廷，授予正式的官衔，这些人摇身一变，成为大清王朝的命官，被三桂收为自己的心腹将领。
在设置“援剿四镇”的同时，吴三桂开始重新改编投诚的明朝与农民军的降卒。按照他设计的组建方案，拟设立两大系列营，分别命名为“忠勇营”、“义勇营”。在这两大营中，各分设中、前、后、左、右5营，总共计10营，每营设马步额兵1200名。因此，“忠勇”与“义勇”每大营马步兵6000名，合两营兵为12000人。两大营的将官，各有总兵官5员，游击5员、守备5员、千总10员，把总4员。以两大营的各小营共10营而言，每营有总兵官1员、守备1员、千总2员、把总4员。［康熙］《云南通志》，“兵防”，卷13，参见《清世祖实录》，卷133，3页。
吴三桂提名十员将领为各营总兵官，还开具姓名，增补中军、游击、守备等各军职。
三桂的上述报告，驰送北京，吏、兵二部立即进行讨论，没有提出任何疑义，“悉如所请”，一致通过，然后奏请世祖批准。世祖一看吏、兵二部已完全同意三桂的请求，而他自己也十分宠信三桂，便不假思索，挥笔批准。
三桂提名十员总兵官分领以下各营：
“忠勇营”所属五营和总兵官是：
“忠勇”中营右都督马宝
前营都督佥事李如碧
左营都督佥同知高启隆
右营参将刘之复
后营副将塔新策
“义勇营”所属五营和总兵官是：
“义勇”中营右都督王会
前营副将刘称
左营左都督马惟兴
右营都督佥事吴子圣
后营副将杨威
这支一万二千人的军队，是由投诚的降卒组成的，而各营的各级长官，也皆由“投诚将官”担任。总兵马宝、培新策、马惟兴、游击曹福德等人，是在顺治十二年五月率众四千余、马一千余匹，自澜沧江外降清。马宝、马惟兴都是孙可望信赖的战将，在永历政权中进封为公爵，他们在李定国、白文选与孙可望的斗争中，支持了定国，致使可望遭到失败。［明］金钟：《皇朝末造录》，卷上，151~152页。浙江古籍出版社，1986年版。。在永历政权接连被清军击败后，才投向了吴三桂。再有总兵李如碧，高启隆、吴子圣、王会、杨威，游击邓望功、韩天福、王朝兴等人，都是永庆政权的战将、武官，如吴子圣爵封“怀仁侯”《皇朝末造录》，卷上，154页。，居于重要地位。他们与马宝等几乎同时携众降了吴三桂。还有，总兵刘之复和塔新策原是永历赐封的巩昌王白文选的部下，在三桂南下云贵时投诚。以上参见《庭闻录》，卷3。十营总兵，除了刘称外，其余九名总兵官和上述提到的四名游击，原都是李定国和白文选的部属。因此，“忠勇”和“义勇”两大系列营从士卒到将官，都是原明与农民军的余部，经三桂的筹划，又重新组织起来，所不同的是，仅仅换了旗号罢了。难怪有人说：“盖云南之兵，皆系孙可望旧人，非随征员也。此辈在明朝为积贼，在逆藩为叛党……”刘昆：《南中杂谈》，转引自神田信夫：《平西王吴三桂の研究》，27页。这是说，后来这些投诚将卒都参加了三桂叛乱的军事行动。