孔、耿、尚归附后，太宗没有打乱他们的编制，而是原封不动地继续让他们统率，并且给他们以种种优待，无“低人一等”或惧怕歧视之感，因而得到广大汉兵的拥护，“故其将卒皆用命”昭梿：《啸亭杂录》，卷1，“收孔、耿二王”。。对后金来说，这比分散到满洲各旗管辖更有利。同时，太宗从孔、耿、尚率军来归的雄姿盛容中看到了汉兵是一支不可忽视的力量，他们“谙水战，习地利”谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷4，“毛帅东江”。，满族骑兵则望尘莫及。在同明朝的争战中，以汉兵为“前驱”，可发挥满族骑兵无所施其技的作用。不仅如此，随着战争规模不断扩大和深入，单靠满族征兵已经远远不能适应其需要。太宗看到了又一个广大的兵源，这就是他统治下的辽东汉人和归附及阵获的明朝官兵。太祖时，“俘掠辽沈之民，悉为满臣奴隶”昭梿：《啸亭杂录》，卷2，“汉军初制”。。被奴役的广大汉人不会对“满臣”贵族抱有好感，也不能激起对生产的积极性。太宗决意打破民族畛域，把汉族中的优秀人才逐步选拔出来，使其为国效力。就在孔、耿归附不久，即天聪七年（1633年）七月一日，太宗令分隶满洲各旗所属汉人壮丁，每十名抽一丁披甲入伍，共得一千五百八十人，组成一旗汉兵，由汉官马光远统领，旗帜用黑色。这是正式建汉军旗之始。
　　
　　崇德二年（1637年）七月，太宗又把一旗汉军分作左右翼两旗：以汉官石廷柱为左翼固山额真，马光远为右翼固山额真，都按照八旗满洲的样式编壮丁为牛录。到了崇德四年（1639年）六月，太宗再分二旗为四旗，每旗设牛录十八员，固山额真一员，梅勒章京二员，甲喇章京四员，任命马光远为正黄旗固山额真，马光辉、张大猷为梅勒章京；石廷柱为正白旗固山额真，达尔汉、金维城为梅勒章京；王世选为正红旗固山额真；吴守进、孟乔芳为梅勒章京；巴额为正蓝旗固山额真；李国翰、佟图赖为梅勒章京。原先两旗均用黑色，现改为马光远旗用蓝色，以黄色镶边；石廷柱旗用蓝色镶白边；王世选旗也用蓝色，镇红边；巴颜旗则纯用蓝色。按清制，每一牛录以百名左右为满额，一旗含十八牛录，共计一千八百人左右。四旗合计共七千人左右。直到太宗去世的前一年，崇德七年（1642年）六月，他将原四旗改编为八旗，称为八旗汉军。旗色、名称、官员设置一如八旗满洲之制，所不同的，前者的旗主可以由皇帝随时撤换任命，后者则是世袭。这次任命祖泽润、刘之源、吴守进、金砺、佟图赖、石廷柱、巴颜、墨尔根侍卫李国翰八人分别为八旗固山额真。同年八月，孔有德、耿仲明、尚可喜、沈志祥奏请“以所部兵随汉军旗下行走，上允其请。”《清太宗实录》，卷62，10页。他们虽然没有编入八旗，但应属于八旗汉军的一部分。这样，太宗在他去世前终于逐步完成了对八旗汉军的创建性工作。
　　
　　太宗创建八旗汉军是有很深的用意的。它扩大兵源，以供战争之需；利用汉军同明军作战，也就是“选用招降，以汉攻汉，则无不可矣。”《明清史料》，丙编第1本，“正红旗固山备御藏国祚奏本”。这些都是他考虑到的因素，但更深一层的用意，是借助建汉军八旗（包括建蒙古八旗）帮助他巩固皇权，使八旗满洲诸王贝勒的权势削弱。另建新的八旗组织，实际是分割他们手中的权力，从而打破他们对军队的垄断，因之也就削弱了他们与皇权相抗衡的手段，八旗满洲亦失去“独尊”的地位。不管太宗主观上是否意识到这一点，客观效果必然是这样。八旗制度作为后金（清）国家的一种新体制，单有八旗满洲是很不完备的，它强烈地表现了满族贵族狭隘的民族主义的倾向。它忽视其他民族例如汉族、蒙古族的客观存在，有意地降低了他们的历史地位和作用，因此后金的统治是不能维持长久的。太宗创建汉军与蒙古八旗，是他意识到了国内主要存在的满、蒙古、汉族之间的复杂的民族关系，而给予汉族、蒙古族的历史地位以某种肯定。它们与八旗满洲并立，这就是从法律和制度上把这种联合的关系进一步确定下来，这标志着以满族贵族为核心的，与汉、蒙封建地主阶级联合统治的基础更广泛了。八旗制度的完善，为清朝二百六十多年的统治打下了牢固的根基。
　　
　　八旗汉军是八旗制度的三个组成部分之一。汉军旗人的旗属问题，本来是无须怀疑的。有的学者认为汉军既然是八旗成员，也就是满族人。其实从族源上考察加入汉军八旗的人，正如《啸亭杂录》（卷二）所说；“盖虽曰旗籍，皆辽沈边氓，及明之溃军败卒。”他们原是汉人，是否满族人，恐怕难定。历史上汉族中一些人由于种种因素（例如通婚，有血缘关系、满化程度深、或自报为满族人，等等）而成为满族人，这是事实。但是不能说加入了八旗就成为满族，旗籍与族籍不能混为一谈。八旗满洲，其意就是满族自己内部的旗组织；同样，八旗汉军，也是将旗制推广到汉族内部，通过旗的形式把汉人组织起来。在“八旗”的后边附以或者在前边冠以“满洲”、“蒙古”、“汉军”字样，这就毫不含混地标示了三个不同的民族的族属。因此，八旗分为满、蒙、汉已表明这是以三个民族的成员组成的组织，不能说有了八旗，三个民族就不存在了。太宗当初创建满、蒙、汉八旗不是要消灭民族，而是要承认并联合这些民族的各个阶层人民。满洲、汉军、蒙古八旗并立存在于一个统一的政权之下，犹如几个部落的联盟，而满洲则充当了这个联盟的“盟主”。以此而论，就不难理解诸如《八旗满洲氏族通谱》、《满洲名人传》中把一些汉人、蒙古人都列入“满洲名臣”或“满洲氏族”之内。既然满洲统治者把自己看成是“盟主”，当然它可以把八旗满洲、蒙古、汉军中的謽要姓氏、知名人士都概括在它的总名头之下。所谓汉人“在旗”与“不在旗”，仅仅区别是否加入八旗组织，不能看成是成为满族的标准。只有隶属满洲八旗的人才是真正的满族人。