清太祖首创八旗制度，起初，只有四旗，后增至八旗。它的基本成员主要是满族，故称为八旗满洲，或满洲八旗。其中也有少量蒙古人和汉人，分隶各旗管辖。太宗即位后，由于蒙古人特别是明朝官兵归附日益增多，八旗满洲无法容纳，于是创立八旗蒙古、八旗汉军，加上原有的八旗满洲，合满、蒙、汉共二十四旗。这就使八旗制度臻于完备，充分体现了满蒙汉地主阶级的联合专政。
八旗汉军是最后组建的。其始创必从恭顺王孔有德，怀顺王耿仲明，智顺王尚可喜先后率众航海来归谈起。“三顺王”降后金是当时具有重大意义的事件，与太宗编制八旗汉军有着十分密切的联系。
孔有德、耿仲明，均为辽东人，太祖进兵辽沈时，逃到皮岛（朝鲜湾椴岛），投奔毛文龙，充任末弁，改姓毛氏。毛文龙被杀后，二人被山东登莱巡抚孙元化征用，孔有德任参将，耿仲明任游击。天聪五年（1631年），太宗围大凌河城，孙元化调孔有德率兵三千渡海增援，遭飓风，几乎丧命。渡海不成，十一月，孙元化又令孔有德率骑兵八百从陆上驰援。孔有德不胜愤恨，行到邹平县（山东邹平）滞留月余。后到吴桥县（河北吴桥）又缺粮饷，因此军心混乱。这时正好遇到孙元化派遣去塞外购买马匹的参将李九成，两人密议，宣布起义叛明。率军回师，连陷临邑、陵县、商河、青城诸县（均在山东济南市北）。第二年正月孔有德等挥兵登州城下。城里有他的好友耿仲明联合一批辽将做内应，内外夹攻，迅速攻克，巡抚孙元化被俘，念其以往交谊，释放归去，航海到天津。崇祯得报，下令就地处决。不久，又有驻旅顺的明朝参将陈有时，广鹿岛（辽宁长山列岛的一个岛屿）副将毛承录等率部分官兵造反，渡海到登州，加入孔有德部队，兵势大盛，共推孔有德为王。他谦让不受，自称都元帅，李九成为副元帅，耿仲明为总兵官，于是，整饬兵马，攻城略地，山东大乱。明朝调集大批兵马前来镇压，孔有德等退守登州。明将祖大弼率兵数万将登州包围，双方相持五月有余，终因众寡悬殊，无法打破明军的围攻，李九成在一次战斗中阵亡。而明军继续增援，孔有德感到力不能支，决计突围投奔后金。
十一月，在一个漆黑的夜里，孔有德、耿仲明携带家眷，率万余名士兵，从临海的北面出城，分乘数百支战船，撤出登州，在海上漂流数月，于天聪七年（1633年）春，驶向旅顺。驻守此城的明朝总兵黄龙料孔有德逃跑必经这里，早已严兵以待。当孔有德率众来到时，黄龙遣水师截击。孔有德被迫退到双岛龙安塘暂驻。他撤退登州前后，已三次派人与后金联系。这时，他又派游击张文焕，都司杨谨等带一百余人，从盖州登陆（辽宁盖县），与后金取得了联系，他自率大队人马去镇江上岸。太宗得到报告，极为重视，先派出吴赖、范文程等率部分将士前去旅顺探听虚实。原来，他并不完全相信孔有德来归，等张文焕到达盖州，备述经过，才信以为真，连续作出决定：一，孔有德、耿仲明航海来归，应先赏给两匹马，他带头拿出自己乘用的马，诸贝勒各出上等带鞍的马一匹，不带鞍的马四匹，共四十匹；满洲、蒙古、汉人按职务每十名备御出马一匹，约计百匹。从这里再选良马赏大帅，其余由他分给各级将官。二，派文馆范文程、罗硕、刚林，给孔、耿及官兵安排驻地：孔、耿可统领所部兵马驻扎东京（即辽阳），号令、鼓吹、仪仗一律照旧，惟有用刑、出兵两事，应当向上报告批准。其余随来的百姓可住盖州、鞍山，如不愿意，可令其住东京邻近的地方以上参见《清太宗实录》，卷13、14；《东华录》，天聪六年、七年；《明崇祯实录》，卷5、6；《国榷》，卷91、92；《开国方略》，卷17。。
五月，孔、耿率众抵镇江，遣副将曹绍宗、刘承祖等向太宗报告起程赴沈阳日期。太宗马上传令正在督修岫岩、揽盘、通远堡（辽宁东部）三城的济尔哈朗、阿济格、杜度率兵速往镇江迎接，并带去二千匹马，供孔有德部众上岸乘骑。与此同时，宁远、登州、旅顺口明兵乘船从海上尾追而来，朝鲜也出兵助威。正好济尔哈朗等率军也赶到镇江，与明兵夹江立营。明兵与朝鲜兵见后金兵强盛，不敢开战，便悄悄撤走了。孔、耿部众这才靠岸，将携带的大量兵器枪炮全部搬运上岸。济尔哈朗等设大宴欢迎孔、耿航海千里来归。
跟随孔、耿归附后金的副将、参将、游击等将官共一百零七人；精壮官兵三千六百四十三人，他们的家属共七千四百三十六人；水手壮丁四百四十八人，其家属六百二十四人。以上通共一万二千二百五十八人《明清史料》，丙编第一本。。孔、耿这支庞大的队伍历经艰险，顺利来归，这对后金是个巨大的鼓舞，太宗隆礼相待，关怀备至。他们一离开镇江，太宗陆续调拨马匹接应，送去营帐供途中使用，谕令勿急于赶路，须从容休息而行。他们到达东京后，太宗又派人告知孔、耿：“你们都很劳顿，应先休息，从容到沈阳来见。”五月二十六日，太宗派文馆官员龙什、爱巴礼、范文程、敦多惠到东京，召孔、耿及其官属赴沈阳会见《清太宗实录》，卷14，9页。。
六月二日，孔、耿来沈阳之前，太宗发下一道专意保护孔、耿及其部众的谕旨：“向者我国将士于辽民多所扰害，至今诉告不息。今所附之众，一切勿得侵扰。此辈乃攻克明地，涉险来归，求庇于我，若仍前骚扰，实为乱首，违者并妻子处死，必不姑恕！”《清太宗实录》，卷14，10页。
次日，龙什等引导孔、耿和他们的部将官员抵达沈阳郊区，太宗率诸贝勒大臣出德盛门十里，来到浑河岸边，举行盛大的欢迎仪式：中间设一座黄色大帐篷，左右各设五座青色帐篷。太宗与大贝勒代善和诸贝勒率孔有德、耿仲明及各官首先拜天，行三跪九叩头礼，然后就座，讨论接见孔、耿的礼节。太宗想以满族最隆重的礼仪——抱见礼接见。诸贝勒提出：皇上不宜抱见，以礼相待就可以了。太宗不同意，说：“从前张飞尊上而凌下，关公敬上而爱下，今天朕以恩遇，岂不更好！元帅、总兵（指孔、耿）曾取登州，攻城略地，正当强盛而纳款输诚，三次遣使来，率其兵民，航海御敌，来归于我，此功劳没有比这更大的了。朕意应当行抱见礼，以示优隆之意。”《清太宗实录》，卷14，11页。议决后，孔有德耿仲明率各官以次序立，他们二人先行汉族礼，复至御座前叩头，双手抱太宗膝，接着，与代善和诸贝勒一一抱见。孔、耿行礼毕，各官上前行三跪九叩头礼。太宗让孔、耿坐在他的座位旁边。丰盛的宴会开始了，太宗亲自手捧金卮，向孔、耿敬酒。宴会结束，向孔、耿各官赏赐蟒袍、貂裘、撒袋、鞍马等物品，孔、耿亦献上金银及金玉诸器衣物等。回到沈阳后，太宗、代善和诸贝勒逐日设宴款待。六月十三日，太宗正式宣布封孔有德为都元帅，耿仲明为总兵官，赐给敕印，保持原有官职。其他各官也视功劳分别封赏。然后举行宴会庆贺。席间，先向孔有德宣读敕文：
朕惟任贤使能，崇功尚德，乃国家之大典；乘机会，达变通权，诚明哲之芳踪。尔元帅孔有德原系明臣，知明运之倾危，识时势之向背，遂举大众，夺据山东，战破数城，实为我助，且又携军士官民，尽载甲胄器械，航海来归，伟绩丰功，超群出类，朕深嘉尚，用赞王，给都元帅敕印，功名富贵，远期奕世之休，带砺河山，永无遗弃之义，凡有一切过犯，尽皆原宥，尔宜益励忠勤，恪共乃职，勿负朕命。钦哉！
发给耿仲明一道同一内容的敕文也当众宣读《清太宗实录》，卷14，16~17页。。
四个月后，明朝广鹿岛副将尚可喜率广鹿、长山、石城三岛数千名官兵和百姓叛明来归。尚与孔、耿都曾是毛文龙的部下，彼此交往很密切。毫无疑问，孔、耿的行动对他是个榜样，促使他接踵而至《清太宗实录》，卷16，8~16页。《尚氏宗谱》，“先王实迹”。。由于孔、耿、尚相继叛明，使明朝用以牵制后金的辽东沿海防线土崩瓦解。就在尚可喜投顺之前，孔、耿率军协同八旗满洲攻克了旅顺城。孔有德非常怨恨明朝旅顺守将黄龙，伺机报复。恰好黄龙把水师派出去进攻鸭绿江方面的敌人，旅顺空虚无备，太宗趁机今贝勒岳托、德格类率师，以孔有德为向导攻袭旅顺，黄龙屡战屡败，走投无路自杀，后金克其城。孔有德投顺后金首立大功。明朝在辽东半岛的最后一个据点丧失，其统治势力，完全被逐出辽东半岛，所剩皮岛，仅余的一点残兵也在崇德二年（1637年）被孔、耿、尚率兵攻破，明将沈志祥杀监军投顺后金。
孔、耿、尚率众来归，不仅给后金带来了巨大的政治影响，使后金在同明朝进行的改朝换代斗争中打开了更广阔的道路，而且在后金社会内开始了一个新变化。而清太宗下令孔、耿所部旗纛用皂（黑）色，军士按时演习枪炮弓箭；马和甲胄都在牌子或带子上写“满洲”二字以为识别。后来又规定孔、耿与八和硕贝勒同列一班，并派官为他们营建府第。崇德元年（1636年）太宗接受尊号为皇帝，孔有德被封为恭顺王，耿仲明封怀顺王、尚可喜封智顺王。这些措施，从命名、辨旗色，到特许孔、耿与尚独立分管这两支由汉人组成的部队，获得类同八旗旗主一样的权利，这实际上等于新设两旗汉军，他们三人处于旗主的地位。所以，可以认为，孔、耿、尚来归，也就是太宗编制汉军旗的开始。